WebGestalt 2017: a more comprehensive, powerful, flexible and interactive gene set enrichment analysis toolkit.
WebGestalt 2017: a more comprehensive, powerful, flexible and interactive gene set enrichment analysis toolkit.
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Webgestalt 2017：一种更全面，强大，灵活和交互式基因集富集分析工具包。
DOI：
10.1093/nar/gkx356
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J;Vasaikar S;Shi Z;Greer M;Zhang B
功能富集分析在高通量组学数据的生物学解释中发挥了关键作用。WebGestalt作为一个长期存在并广泛使用的功能富集分析Web应用程序，一直在不断更新，以满足来自不同研究领域的生物学家的需求。WebGestalt 2017支持12种生物，来自各种数据库和技术平台的324个基因标识符，以及来自公共数据库和计算分析的150 937个功能类别。具有WebGestalt不支持的基因标识符和WebGestalt数据库中不包括的功能类别的组学数据也可以上传用于富集分析。除了以前版本中的过度代表性分析外，WebGestalt 2017还增加了基因集富集分析和基于网络拓扑的分析，为高通量组学数据的解释提供了补充方法。新的用户友好的输出界面和GOView工具允许对富集结果进行交互式和有效的探索和比较。因此，WebGestalt 2017可以实现更全面、强大、灵活和交互式的功能丰富分析。它可以在http://www.webgestalt.org上免费获得。
Functional enrichment analysis has played a key role in the biological interpretation of high-throughput omics data. As a long-standing and widely used web application for functional enrichment analysis, WebGestalt has been constantly updated to satisfy the needs of biologists from different research areas. WebGestalt 2017 supports 12 organisms, 324 gene identifiers from various databases and technology platforms, and 150 937 functional categories from public databases and computational analyses. Omics data with gene identifiers not supported by WebGestalt and functional categories not included in the WebGestalt database can also be uploaded for enrichment analysis. In addition to the Over-Representation Analysis in the previous versions, Gene Set Enrichment Analysis and Network Topology-based Analysis have been added to WebGestalt 2017, providing complementary approaches to the interpretation of high-throughput omics data. The new user-friendly output interface and the GOView tool allow interactive and efficient exploration and comparison of enrichment results. Thus, WebGestalt 2017 enables more comprehensive, powerful, flexible and interactive functional enrichment analysis. It is freely available at http://www.webgestalt.org.
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影响因子：
14.9
作者：
Kuleshov MV;Jones MR;Rouillard AD;Fernandez NF;Duan Q;Wang Z;Koplev S;Jenkins SL;Jagodnik KM;Lachmann A;McDermott MG;Monteiro CD;Gundersen GW;Ma'ayan A
通讯作者：
Ma'ayan A
影响因子：
14.9
作者：
Reimand J;Arak T;Adler P;Kolberg L;Reisberg S;Peterson H;Vilo J
通讯作者：
Vilo J
影响因子：
14.9
作者：
Piñero J;Bravo À;Queralt-Rosinach N;Gutiérrez-Sacristán A;Deu-Pons J;Centeno E;García-García J;Sanz F;Furlong LI
通讯作者：
Furlong LI
影响因子：
14.9
作者：
Chatr-Aryamontri A;Oughtred R;Boucher L;Rust J;Chang C;Kolas NK;O'Donnell L;Oster S;Theesfeld C;Sellam A;Stark C;Breitkreutz BJ;Dolinski K;Tyers M
通讯作者：
Tyers M
DOI：
10.1158/1078-0432.ccr-13-0594
发表时间：
2013-10-15
期刊：
Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
影响因子：
--
作者：
Wang J;Qian J;Hoeksema MD;Zou Y;Espinosa AV;Rahman SM;Zhang B;Massion PP
通讯作者：
Massion PP