Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue.
Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue.
复制标题
DOI：
10.1186/gb-2013-14-3-r24
复制
发表时间：
2013-03-25
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Isaksson A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mayrhofer M;DiLorenzo S;Isaksson A
肿瘤组织的全基因组测序有可能提供肿瘤样本中基因组改变的全面表征。我们提出Patchwork，一个新的生物信息学工具，用于使用全基因组测序数据进行等位基因特异性拷贝数分析。Patchwork可用于确定整个基因组中同源序列的拷贝数，即使在具有中等序列覆盖率和肿瘤细胞含量的非整倍体样本中也是如此。不需要事先了解平均倍性或肿瘤细胞含量。Patchwork是一个免费的R包，可以通过R- forge （http://patchwork.r-forge.r-project.org/）安装。
Whole-genome sequencing of tumor tissue has the potential to provide comprehensive characterization of genomic alterations in tumor samples. We present Patchwork, a new bioinformatic tool for allele-specific copy number analysis using whole-genome sequencing data. Patchwork can be used to determine the copy number of homologous sequences throughout the genome, even in aneuploid samples with moderate sequence coverage and tumor cell content. No prior knowledge of average ploidy or tumor cell content is required. Patchwork is freely available as an R package, installable via R-Forge (http://patchwork.r-forge.r-project.org/).
登录
查看更多内容
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.8
作者：
Sathirapongsasuti, Jarupon Fah;Lee, Hane;Nelson, Stanley F.
通讯作者：
Nelson, Stanley F.
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
12.3
作者：
Rasmussen M;Sundström M;Göransson Kultima H;Botling J;Micke P;Birgisson H;Glimelius B;Isaksson A
通讯作者：
Isaksson A
影响因子：
56.9
作者：
Schrock, E;duManoir, S;Ried, T
通讯作者：
Ried, T