Label-Free Quantification from Direct Infusion Shotgun Proteome Analysis (DISPA-LFQ) with CsoDIAq Software.
Label-Free Quantification from Direct Infusion Shotgun Proteome Analysis (DISPA-LFQ) with CsoDIAq Software.
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DOI：
10.1021/acs.analchem.2c02249
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发表时间：
2023-01-17
影响因子：
7.4
通讯作者：
Meyer, Jesse G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang, Yuming;Hutton, Alexandre;Cranney, Caleb W.;Meyer, Jesse G.
大规模蛋白质组分析需要快速、高通量的分析方法。我们最近报道了一种新的蛋白质组分析范式，其中使用直接进样和离子迁移率来代替液相色谱(LC)来实现快速和高通量的蛋白质组分析。在这里，我们介绍了一种改进的直接输注猎枪蛋白质组分析方法，包括使用CsoDIAq软件的无标记定量(DISPA-LFQ)。通过对DISPA数据的CsoDIAq分析，我们现在可以从HeLa和293T蛋白质组中识别出高达∼2000的蛋白质，并且使用DISPA-LFQ，我们可以在几分钟内从不超过1μg的样品中定量分析HeLa 1000蛋白质。识别出的蛋白质参与了许多有价值的途径，包括中心碳代谢、核酸复制和运输、蛋白质合成和内吞作用。结合在96孔板上的高通量样品制备方法，我们进一步展示了该技术在人类293T细胞中进行高通量药物分析的实用性。从一个完整的96孔板收集数据的总时间约为8小时。我们得出结论，DISPA-LFQ策略为快速鉴定和定量复杂混合物中的蛋白质提供了一个有价值的工具，将为药物筛选、生物标记物发现和临床分析的高通量蛋白质组学时代提供动力。
Large-scale proteome analysis requires rapid and high-throughput analytical methods. We recently reported a new paradigm in proteome analysis where direct infusion and ion mobility are used instead of liquid chromatography (LC) to achieve rapid and high-throughput proteome analysis. Here, we introduce an improved direct infusion shotgun proteome analysis protocol including label-free quantification (DISPA-LFQ) using CsoDIAq software. With CsoDIAq analysis of DISPA data, we can now identify up to ∼2000 proteins from the HeLa and 293T proteomes, and with DISPA-LFQ, we can quantify ∼1000 proteins from no more than 1 μg of sample within minutes. The identified proteins are involved in numerous valuable pathways including central carbon metabolism, nucleic acid replication and transport, protein synthesis, and endocytosis. Together with a high-throughput sample preparation method in a 96-well plate, we further demonstrate the utility of this technology for performing high-throughput drug analysis in human 293T cells. The total time for data collection from a whole 96-well plate is approximately 8 h. We conclude that the DISPA-LFQ strategy presents a valuable tool for fast identification and quantification of proteins in complex mixtures, which will power a high-throughput proteomic era of drug screening, biomarker discovery, and clinical analysis.
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DOI：
10.1021/jasms.1c00056
发表时间：
2021-04-07
影响因子：
3.2
作者：
May, Jody C.;Leaptrot, Katrina L.;Rose, Bailey S.;Moser, Kelly L. Wormwood;Deng, Liulin;Maxon, Laura;DeBord, Daniel;McLean, John A.
通讯作者：
McLean, John A.
DOI：
10.1007/s13361-012-0404-0
发表时间：
2012-08
影响因子：
3.2
作者：
Meyer JG;A Komives E
通讯作者：
A Komives E
影响因子：
7
作者：
Bekker-Jensen, Dorte B.;Martinez-Val, Ana;Olsen, Jesper, V
通讯作者：
Olsen, Jesper, V
影响因子：
4.4
作者：
Levitsky, Lev I.;Klein, Joshua A.;Gorshkov, Mikhail V.
通讯作者：
Gorshkov, Mikhail V.
影响因子：
7.4
作者：
Xiang, Yun;Koomen, John M.
通讯作者：
Koomen, John M.