BeetleBase in 2010: revisions to provide comprehensive genomic information for Tribolium castaneum.
BeetleBase in 2010: revisions to provide comprehensive genomic information for Tribolium castaneum.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkp807
复制
发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brown SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim HS;Murphy T;Xia J;Caragea D;Park Y;Beeman RW;Lorenzen MD;Butcher S;Manak JR;Brown SJ
BeetleBase （http://www.beetlebase.org）已更新，以提供更全面的红粉甲虫Tribolium castaneum的基因组信息。该数据库包含10个连锁组的基因组序列支架（基因组组装发布Tcas_3.0）、遗传连锁图、官方基因集、NCBI参考序列（RefSeq）、预测基因模型、ESTs和代表多个发育阶段的全基因组切片阵列数据。采用升级后的通用模式生物数据库（GMOD）模块对数据库进行重构。基因组数据使用Chado模式存储在PostgreSQL关系数据库中，并在GBrowse中以轨迹的形式显示。更新的遗传图谱使用比较遗传图谱查看器CMAP可视化。为了增强数据库搜索能力，BLAST和BLAT搜索工具已与GMOD工具集成。BeetleBase作为Tribolium基因组数据的长期存储库，并与其他模式生物数据库兼容。
BeetleBase (http://www.beetlebase.org) has been updated to provide more comprehensive genomic information for the red flour beetle Tribolium castaneum. The database contains genomic sequence scaffolds mapped to 10 linkage groups (genome assembly release Tcas_3.0), genetic linkage maps, the official gene set, Reference Sequences from NCBI (RefSeq), predicted gene models, ESTs and whole-genome tiling array data representing several developmental stages. The database was reconstructed using the upgraded Generic Model Organism Database (GMOD) modules. The genomic data is stored in a PostgreSQL relatational database using the Chado schema and visualized as tracks in GBrowse. The updated genetic map is visualized using the comparative genetic map viewer CMAP. To enhance the database search capabilities, the BLAST and BLAT search tools have been integrated with the GMOD tools. BeetleBase serves as a long-term repository for Tribolium genomic data, and is compatible with other model organism databases.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Slater GS;Birney E
通讯作者：
Birney E
影响因子：
3.8
作者：
Park, Yoonseong;Aikins, Jamie;Gibbs, Richard A.
通讯作者：
Gibbs, Richard A.
影响因子：
14.9
作者：
Wang L;Wang S;Li Y;Paradesi MS;Brown SJ
通讯作者：
Brown SJ
影响因子：
5.5
作者：
Kapustin Y;Souvorov A;Tatusova T;Lipman D
通讯作者：
Lipman D
影响因子：
64.8
作者：
Richards, Stephen;Gibbs, Richard A.;Grossmann, Daniela
通讯作者：
Grossmann, Daniela