PDBWiki: added value through community annotation of the Protein Data Bank.
PDBWiki: added value through community annotation of the Protein Data Bank.
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DOI：
10.1093/database/baq009
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发表时间：
2010-07-06
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bolser DM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stehr H;Duarte JM;Lappe M;Bhak J;Bolser DM
像维基百科这样的社区项目的成功，近期引发了一场关于此类工具在生命科学领域适用性的讨论。目前，有几个这样的“科学维基”，旨在将社区的专业知识收集到集中的资源中。然而，对于如何实现这一目标，并没有达成共识。例如，如何将来自已建立的集中式数据库的数据与“社区注释”所提供的数据进行最佳整合，尚不清楚。我们创建了PDBWiki，这是一个用于蛋白质结构社区注释的科学维基。该维基为蛋白质数据库（PDB）中的每个条目都设有一个结构化页面，并允许用户给这些条目附上分类评论。此外，每个页面都包含一个用户可编辑的外部资源交叉引用列表。如同在数据库中一样，可以根据用户定义的查询或条目列表生成表格报告和“结构库”。PDBWiki与PDB并行运行，将原始数据库内容与用户注释分开。PDBWiki展示了协作功能如何与生物数据库的原始数据相结合。它可以用作一个系统，以便更好地理解如何在生物科学领域获取社区知识。对于PDB的用户来说，PDBWiki提供了一个错误跟踪器、讨论论坛和社区注释系统。到目前为止，用户参与度适中，但在不断增加。用户可编辑的交叉引用部分已被证明很受欢迎，链接资源的数量从最初的17个增加到如今的39个，增加了一倍多。
数据库网址：http://www.pdbwiki.org
The success of community projects such as Wikipedia has recently prompted a discussion about the applicability of such tools in the life sciences. Currently, there are several such ‘science-wikis’ that aim to collect specialist knowledge from the community into centralized resources. However, there is no consensus about how to achieve this goal. For example, it is not clear how to best integrate data from established, centralized databases with that provided by ‘community annotation’. We created PDBWiki, a scientific wiki for the community annotation of protein structures. The wiki consists of one structured page for each entry in the the Protein Data Bank (PDB) and allows the user to attach categorized comments to the entries. Additionally, each page includes a user editable list of cross-references to external resources. As in a database, it is possible to produce tabular reports and ‘structure galleries’ based on user-defined queries or lists of entries. PDBWiki runs in parallel to the PDB, separating original database content from user annotations. PDBWiki demonstrates how collaboration features can be integrated with primary data from a biological database. It can be used as a system for better understanding how to capture community knowledge in the biological sciences. For users of the PDB, PDBWiki provides a bug-tracker, discussion forum and community annotation system. To date, user participation has been modest, but is increasing. The user editable cross-references section has proven popular, with the number of linked resources more than doubling from 17 originally to 39 today. Database URL: http://www.pdbwiki.org
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