QuasR: quantification and annotation of short reads in R.
QuasR: quantification and annotation of short reads in R.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu781
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发表时间：
2015-04-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Stadler MB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gaidatzis D;Lerch A;Hahne F;Stadler MB
摘要：QuasR是R中高通量测序数据集成分析的软件包，涵盖了从read预处理、比对、质量控制到定量的所有步骤。 QuasR支持不同的实验类型（包括RNA-seq、ChIP-seq和Bis-seq）和分析变体（例如双端、链状、剪接和等位基因特异性），并集成在Bioconductor中，以便可以直接处理其输出以进行统计分析和可视化。可用性和实现：QuasR 用 R 和 C/C++ 实现。主要平台（Linux、OS X 和 MS Windows）的源代码和二进制文件可从 Bioconductor (www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/QuasR.html) 获取。该软件包包括一个“小插图”，其中包含典型工作流程的分步示例。联系方式：michael.stadler@fmi.ch 补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。
Summary: QuasR is a package for the integrated analysis of high-throughput sequencing data in R, covering all steps from read preprocessing, alignment and quality control to quantification. QuasR supports different experiment types (including RNA-seq, ChIP-seq and Bis-seq) and analysis variants (e.g. paired-end, stranded, spliced and allele-specific), and is integrated in Bioconductor so that its output can be directly processed for statistical analysis and visualization. Availability and implementation: QuasR is implemented in R and C/C++. Source code and binaries for major platforms (Linux, OS X and MS Windows) are available from Bioconductor (www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/QuasR.html). The package includes a ‘vignette’ with step-by-step examples for typical work flows. Contact: michael.stadler@fmi.ch Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
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作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
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