PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome.
PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1177
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gabaldón T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huerta-Cepas J;Capella-Gutiérrez S;Pryszcz LP;Marcet-Houben M;Gabaldón T
系统发生树代表同源基因的进化关系，是许多进化分析的切入点。例如，系统发生树的使用可以帮助推断直系和旁系关系，并检测相关的进化事件，如基因家族的扩张和收缩，水平基因转移，重组或不完整的谱系分类。类似地，给定在给定基因组中编码的基因之间的多个进化历史，存在对系统发育树（phylomes）的全基因组集合的组合分析的需要。在这里，我们将介绍PhylomeDB（http：//www.example.com）的一个新版本，它是一个植物门组的公共存储库。phylomedb.org目前，PhylomeDB拥有120个公共系统发育树，包括超过150万个最大似然树和多个序列比对。在目前的版本中，系统发育树注释了分类，蛋白质结构域排列，功能和进化信息。PhylomeDB也是基于同源性的直系同源和旁系同源预测的主要来源，覆盖了1059个测序物种中超过1000万个蛋白质。在这里，我们描述了新实现的PhylomeDB功能，并讨论了基准的数据库提供的同源预测，蛋白质组更新的影响和使用的phylome方法在新测序的基因组和转录组的分析。
Phylogenetic trees representing the evolutionary relationships of homologous genes are the entry point for many evolutionary analyses. For instance, the use of a phylogenetic tree can aid in the inference of orthology and paralogy relationships, and in the detection of relevant evolutionary events such as gene family expansions and contractions, horizontal gene transfer, recombination or incomplete lineage sorting. Similarly, given the plurality of evolutionary histories among genes encoded in a given genome, there is a need for the combined analysis of genome-wide collections of phylogenetic trees (phylomes). Here, we introduce a new release of PhylomeDB (http://phylomedb.org), a public repository of phylomes. Currently, PhylomeDB hosts 120 public phylomes, comprising >1.5 million maximum likelihood trees and multiple sequence alignments. In the current release, phylogenetic trees are annotated with taxonomic, protein-domain arrangement, functional and evolutionary information. PhylomeDB is also a major source for phylogeny-based predictions of orthology and paralogy, covering >10 million proteins across 1059 sequenced species. Here we describe newly implemented PhylomeDB features, and discuss a benchmark of the orthology predictions provided by the database, the impact of proteome updates and the use of the phylome approach in the analysis of newly sequenced genomes and transcriptomes.
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影响因子：
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作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T