Utilizing the GAAA tetraloop/receptor to facilitate crystal packing and determination of the structure of a CUG RNA helix.
Utilizing the GAAA tetraloop/receptor to facilitate crystal packing and determination of the structure of a CUG RNA helix.
复制标题
DOI：
10.1021/bi300829w
复制
发表时间：
2012-10-23
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Berglund JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Coonrod LA;Lohman JR;Berglund JA
强直性肌营养不良1型（DM 1）是由DMPK基因3'非翻译区CTG重复序列异常扩增引起的微卫星扩增障碍。当转录时，有毒的RNA CUG重复序列螯合RNA结合蛋白，从而导致疾病症状。扩展的CUG重复可以采用双链结构，靶向该螺旋是DM 1的治疗策略。为了更好地理解5 'CUG/3' GUC基序，以及它如何与蛋白质和小分子相互作用，我们设计了一个连接到GAAA四环/受体的短CUG螺旋，以促进晶体包装。在这里，我们报告的最高分辨率结构（1.95 μ m）的GAAA四环/受体和CUG螺旋，它是用来结晶的日期。在CUG螺旋内，我们确定了两种不同形式的非典型U-U对，并再次确认CUG重复序列基本上是A型。在CUG重复序列的背景下对所有非规范U-U对的分析揭示了非规范U-U对能够采用的六种不同类别的构象。
Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is a microsatellite expansion disorder caused by the aberrant expansion of CTG repeats in the 3’ untranslated region of the DMPK gene. When transcribed, the toxic RNA CUG repeats sequester RNA binding proteins, which leads to disease symptoms. The expanded CUG repeats can adopt a double-stranded structure, and targeting this helix is a therapeutic strategy for DM1. In order to better understand the 5’CUG/3’GUC motif, and how it may interact with proteins and small molecules, we designed a short CUG helix attached to a GAAA tetraloop/receptor in order to facilitate crystal packing. Here we report the highest resolution structure (1.95 Å) to date of a GAAA tetraloop/receptor and the CUG helix it was used to crystallize. Within the CUG helix, we identify two different forms of non-canonical U-U pairs and reconfirm that CUG repeats are essentially A-form. An analysis of all non-canonical U-U pairs in the context of CUG repeats revealed six different classes of conformations that the non-canonical U-U pairs are able to adopt.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Cooper TA;Wan L;Dreyfuss G
通讯作者：
Dreyfuss G
影响因子：
2.9
作者：
Downey, CD;Fiore, JL;Pardi, A
通讯作者：
Pardi, A
影响因子：
2.9
作者：
Kumar, Arnit;Park, HaJeung;Fang, Pengfei;Parkesh, Raman;Guo, Min;Nettles, Kendall W.;Disney, Matthew D.
通讯作者：
Disney, Matthew D.
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL
影响因子：
56.9
作者：
Liquori, CL;Ricker, K;Ranum, LPW
通讯作者：
Ranum, LPW