POSTAR2: deciphering the post-transcriptional regulatory logics.
POSTAR2: deciphering the post-transcriptional regulatory logics.
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POSTAR2：破译转录后调控逻辑
DOI：
10.1093/nar/gky830
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu Y;Xu G;Yang YT;Xu Z;Chen X;Shi B;Xie D;Lu ZJ;Wang P
rna的转录后调控对多种细胞过程至关重要。近年来，专注于转录后调控逻辑的功能基因组数据量持续增长。在当前的数据库版本POSTAR2 （http://lulab.life.tsinghua.edu.cn/postar）中，我们纳入了以下新特征和数据：更新了来自6个物种的约500个CLIP-seq数据集（总共约1200个CLIP-seq数据集），包括人类、小鼠、苍蝇、蠕虫、拟南芥和酵母；增加了一个新的模块“Translatome”，该模块来自Ribo-seq数据集，包含来自六个物种的基因组中的约3600万个开放阅读框（orf）；更新和统一的转录后调控和变异数据。最后，我们利用多层信息改进了搜索和可视化蛋白质- rna相互作用的web界面。同时，我们还将CLIPdb数据库合并到POSTAR2中。POSTAR2将帮助研究人员研究rna结合蛋白和细胞rna翻译景观协调的转录后调控逻辑。
Abstract Post-transcriptional regulation of RNAs is critical to the diverse range of cellular processes. The volume of functional genomic data focusing on post-transcriptional regulation logics continues to grow in recent years. In the current database version, POSTAR2 (http://lulab.life.tsinghua.edu.cn/postar), we included the following new features and data: updated ∼500 CLIP-seq datasets (∼1200 CLIP-seq datasets in total) from six species, including human, mouse, fly, worm, Arabidopsis and yeast; added a new module ‘Translatome’, which is derived from Ribo-seq datasets and contains ∼36 million open reading frames (ORFs) in the genomes from the six species; updated and unified post-transcriptional regulation and variation data. Finally, we improved web interfaces for searching and visualizing protein–RNA interactions with multi-layer information. Meanwhile, we also merged our CLIPdb database into POSTAR2. POSTAR2 will help researchers investigate the post-transcriptional regulatory logics coordinated by RNA-binding proteins and translational landscape of cellular RNAs.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
starBase v2.0：从大规模 CLIP-Seq 数据中解码 miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA 和蛋白质-RNA 相互作用网络
影响因子：
14.9
作者：
Li JH;Liu S;Zhou H;Qu LH;Yang JH
通讯作者：
Yang JH
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
DOI：
10.1002/wrna.1465
发表时间：
2018-05
期刊：
Wiley interdisciplinary reviews. RNA
影响因子：
--
作者：
Harvey RF;Smith TS;Mulroney T;Queiroz RML;Pizzinga M;Dezi V;Villenueva E;Ramakrishna M;Lilley KS;Willis AE
通讯作者：
Willis AE
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK