Using singleton densities to detect recent selection in Bos taurus.
Using singleton densities to detect recent selection in Bos taurus.
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DOI：
10.1002/evl3.263
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发表时间：
2021-12
影响因子：
5
通讯作者：
Bataillon T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hartfield M;Poulsen NA;Guldbrandtsen B;Bataillon T
许多数量性状受到多基因选择，其中几个基因组区域经历等位基因频率的小的、同时的变化，这些变化共同改变表型。基因组数据的广泛可用性，沿着新的统计技术，使得检测这些变化变得更加容易。我们应用这样一种方法，“单细胞密度得分”（SDS），到荷斯坦牛品种检测最近的选择（产生约740年前）。我们确定了几个基因作为最近选择的目标的候选者，包括一些与细胞调节，分解代谢过程，神经细胞粘附和免疫有关的基因。我们没有发现有力的证据表明，三个对人类很重要的性状--乳蛋白含量、乳脂肪含量和身高--已经受到定向选择的影响。仿真结果表明，由于B.金牛座最近经历了一个人口瓶颈，单细胞耗尽，所以SDS方法的能力降低。这些结果告知哪些基因是B中最近遗传变化的基础。金牛座，同时提供信息，如何多基因选择可以最好地调查在未来的研究。
Many quantitative traits are subject to polygenic selection, where several genomic regions undergo small, simultaneous changes in allele frequency that collectively alter a phenotype. The widespread availability of genome data, along with novel statistical techniques, has made it easier to detect these changes. We apply one such method, the “Singleton Density Score” (SDS), to the Holstein breed of Bos taurus to detect recent selection (arising up to around 740 years ago). We identify several genes as candidates for targets of recent selection, including some relating to cell regulation, catabolic processes, neural‐cell adhesion and immunity. We do not find strong evidence that three traits that are important to humans—milk protein content, milk fat content, and stature—have been subject to directional selection. Simulations demonstrate that because B. taurus recently experienced a population bottleneck, singletons are depleted so the power of SDS methods is reduced. These results inform on which genes underlie recent genetic change in B. taurus, while providing information on how polygenic selection can be best investigated in future studies.
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影响因子：
64.8
作者：
Bycroft C;Freeman C;Petkova D;Band G;Elliott LT;Sharp K;Motyer A;Vukcevic D;Delaneau O;O'Connell J;Cortes A;Welsh S;Young A;Effingham M;McVean G;Leslie S;Allen N;Donnelly P;Marchini J
通讯作者：
Marchini J
影响因子：
64.5
作者：
Boyle EA;Li YI;Pritchard JK
通讯作者：
Pritchard JK
影响因子：
3.3
作者：
de Vladar, Harold P.;Barton, Nick
通讯作者：
Barton, Nick
影响因子：
3.3
作者：
Coop, Graham;Witonsky, David;Pritchard, Jonathan K.
通讯作者：
Pritchard, Jonathan K.
影响因子：
1.4
作者：
Barton, N. H.;Etheridge, A. M.;Veber, A.
通讯作者：
Veber, A.