Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes
Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes
复制标题
活化T细胞中的染色体接触识别自身免疫性疾病候选基因
DOI：
10.1101/100958
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Burren O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burren O
背景自身免疫疾病相关变异体主要存在于免疫细胞，特别是CD 4 +T细胞的调节区。连接这样的调控区域的基因启动子在疾病相关的细胞上下文有利于识别的候选disease genes.ResultsWithin 4 h，激活的CD 4 +T细胞调用组蛋白修饰和增强子RNA转录的变化，对应于改变的相互作用的基因的表达确定的启动子捕获Hi-C。通过整合启动子捕获Hi-C数据与五种自身免疫性疾病的遗传关联，我们优先考虑了245个候选基因，从峰值信号到优先考虑基因的中位距离为153 kb。只有不到一半（108/245）的人优先考虑与激活敏感相互作用相关的基因。这includedIL 2 RA，等位基因特异性表达分析是一致的，其相互作用介导的调节，说明utilityofthepapproach.ConclusionsOur系统的实验框架提供了一种替代方法，候选因果基因识别的变异细胞状态特异性功能的影响，可实现的样本量。
BackgroundAutoimmune disease-associated variants are preferentially found in regulatory regions in immune cells, particularly CD4+T cells. Linking such regulatory regions to gene promoters in disease-relevant cell contexts facilitates identification of candidate disease genes.ResultsWithin 4 h, activation of CD4+T cells invokes changes in histone modifications and enhancer RNA transcription that correspond to altered expression of the interacting genes identified by promoter capture Hi-C. By integrating promoter capture Hi-C data with genetic associations for five autoimmune diseases, we prioritised 245 candidate genes with a median distance from peak signal to prioritised gene of 153 kb. Just under half (108/245) prioritised genes related to activation-sensitive interactions. This includedIL2RA, where allele-specific expression analyses were consistent with its interaction-mediated regulation, illustrating the utility of the approach.ConclusionsOur systematic experimental framework offers an alternative approach to candidate causal gene identification for variants with cell state-specific functional effects, with achievable sample sizes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
4.5
作者：
C. Wallace;A. Cutler;Nikolas Pontikos;M. Pekalski;O. Burren;J. Cooper;Arcadio Rubio García;R. Ferreira;Hui Guo;N. Walker;D. Smyth;S. Rich;S. Onengut-Gumuscu;S. Sawcer;M. Ban;S. Richardson;J. Todd;L. Wicker
通讯作者：
C. Wallace;A. Cutler;Nikolas Pontikos;M. Pekalski;O. Burren;J. Cooper;Arcadio Rubio García;R. Ferreira;Hui Guo;N. Walker;D. Smyth;S. Rich;S. Onengut-Gumuscu;S. Sawcer;M. Ban;S. Richardson;J. Todd;L. Wicker
影响因子：
20.3
作者：
Duhen, Thomas;Duhen, Rebekka;Campbell, Daniel J.
通讯作者：
Campbell, Daniel J.
影响因子：
12.8
作者：
Coit P;Jeffries M;Altorok N;Dozmorov MG;Koelsch KA;Wren JD;Merrill JT;McCune WJ;Sawalha AH
通讯作者：
Sawalha AH
影响因子：
2.8
作者：
Ballesteros-Tato A
通讯作者：
Ballesteros-Tato A