OMA orthology in 2021: website overhaul, conserved isoforms, ancestral gene order and more.
OMA orthology in 2021: website overhaul, conserved isoforms, ancestral gene order and more.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa1007
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dessimoz C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Altenhoff AM;Train CM;Gilbert KJ;Mediratta I;Mendes de Farias T;Moi D;Nevers Y;Radoykova HS;Rossier V;Warwick Vesztrocy A;Glover NM;Dessimoz C
OMA是一个既定的资源，用于阐明目前覆盖所有生命领域的2326个基因组中的基因之间的进化关系。OMA提供配对和GroupWise同源基因、功能注释、局部和全局基因顺序保守(Synteny)信息，以及许多其他功能。这份更新文件描述了数据库重新组织成以基因、群体和基因组为中心的页面。其他新的和改进的功能是详细的，例如报告进化上保存最好的选择性剪接基因的异构体、推断祖先基因的本地顺序、系统发育概况、更好的交叉引用、快速基因组图、通过RDF共享语义数据，以及一种特殊的冠状病毒OMA，其中包括来自NidoVirales目的119种病毒，包括导致新冠肺炎大流行的SARS-CoV-2。最后，我们通过入门读物、教程和短视频改进了资源的文档。可通过https://omabrowser.org.访问OMA。
OMA is an established resource to elucidate evolutionary relationships among genes from currently 2326 genomes covering all domains of life. OMA provides pairwise and groupwise orthologs, functional annotations, local and global gene order conservation (synteny) information, among many other functions. This update paper describes the reorganisation of the database into gene-, group- and genome-centric pages. Other new and improved features are detailed, such as reporting of the evolutionarily best conserved isoforms of alternatively spliced genes, the inferred local order of ancestral genes, phylogenetic profiling, better cross-references, fast genome mapping, semantic data sharing via RDF, as well as a special coronavirus OMA with 119 viruses from the Nidovirales order, including SARS-CoV-2, the agent of the COVID-19 pandemic. We conclude with improvements to the documentation of the resource through primers, tutorials and short videos. OMA is accessible at https://omabrowser.org.
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影响因子：
3.4
作者：
Illa E;Sargent DJ;Lopez Girona E;Bushakra J;Cestaro A;Crowhurst R;Pindo M;Cabrera A;van der Knaap E;Iezzoni A;Gardiner S;Velasco R;Arús P;Chagné D;Troggio M
通讯作者：
Troggio M
影响因子：
4.3
作者：
Chauve C;Tannier E
通讯作者：
Tannier E
DOI：
10.2307/2412448
发表时间：
1970-01-01
期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
作者：
FITCH, WM
通讯作者：
FITCH, WM
影响因子：
--
作者：
Kaleb, Klara;Vesztrocy, Alex Warwick;Dessimoz, Christophe
通讯作者：
Dessimoz, Christophe
影响因子：
7
作者：
Ma, Jian;Zhang, Louxin;Miller, Webb
通讯作者：
Miller, Webb