PhyloPhlAn is a new method for improved phylogenetic and taxonomic placement of microbes.
PhyloPhlAn is a new method for improved phylogenetic and taxonomic placement of microbes.
复制标题
DOI：
10.1038/ncomms3304
复制
发表时间：
2013
影响因子：
16.6
通讯作者：
Huttenhower, Curtis
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Segata, Nicola;Boernigen, Daniela;Morgan, Xochitl C.;Huttenhower, Curtis
新的微生物基因组不断被测序，准确地确定它们的分类身份和进化关系是至关重要的。在这里，我们报告了PhyloPhlAn，这是一种新的方法，使用从3737个基因组中优化的>；400蛋白质来分配微生物的系统发育和推定的分类学。这种方法测量了所有支系的序列多样性，通过密切相关的亚种对深分支候选分区的基因组进行分类，并提高了系统发育和分类分组之间的一致性。PhyloPhl提高了现有的和新测序的基因组的分类准确性，检测了157个错误的标签，更正了46个，并放置或提炼了130个新的基因组。我们提供了从亚种(Sulfolobus spp.)到门，以及深分支候选师的初步扎根，包括对Caldiserica的一致统计支持(前候选师OP5)。因此，PhyloPhlAn对新测序基因组的系统发育评估和分类质量控制都是有用的。最终的系统发展史、保守的蛋白质序列和开放源代码的实现都可以在网上获得。
New microbial genomes are constantly being sequenced, and it is crucial to accurately determine their taxonomic identities and evolutionary relationships. Here we report PhyloPhlAn, a new method to assign microbial phylogeny and putative taxonomy using >400 proteins optimized from among 3,737 genomes. This method measures the sequence diversity of all clades, classifies genomes from deep-branching candidate divisions through closely-related subspecies, and improves consistency between phylogenetic and taxonomic groupings. PhyloPhlAn improved taxonomic accuracy for existing and newly-sequenced genomes, detecting 157 erroneous labels, correcting 46, and placing or refining 130 new genomes. We provide examples of accurate classifications from subspecies (Sulfolobus spp.) to phyla, and of preliminary rooting of deep-branching candidate divisions, including consistent statistical support for Caldiserica (formerly candidate division OP5). PhyloPhlAn will thus be useful for both phylogenetic assessment and taxonomic quality control of newly-sequenced genomes. The final phylogenies, conserved protein sequences, and open-source implementation are available online.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Ludwig, W;Strunk, O;Schleifer, KH
通讯作者：
Schleifer, KH
影响因子：
6.5
作者：
Aguileta, G.;Marthey, S.;Giraud, T.
通讯作者：
Giraud, T.
DOI：
10.1073/pnas.0906424106
发表时间：
2009-09-08
影响因子：
11.1
作者：
McCutcheon, John P.;McDonald, Bradon R.;Moran, Nancy A.
通讯作者：
Moran, Nancy A.
影响因子：
3.9
作者：
Lawrence, JG;Ochman, H
通讯作者：
Ochman, H
影响因子：
14.9
作者：
Cole JR;Wang Q;Cardenas E;Fish J;Chai B;Farris RJ;Kulam-Syed-Mohideen AS;McGarrell DM;Marsh T;Garrity GM;Tiedje JM
通讯作者：
Tiedje JM