DAVID Bioinformatics Resources: expanded annotation database and novel algorithms to better extract biology from large gene lists.
DAVID Bioinformatics Resources: expanded annotation database and novel algorithms to better extract biology from large gene lists.
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DOI：
10.1093/nar/gkm415
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lempicki RA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang DW;Sherman BT;Tan Q;Kir J;Liu D;Bryant D;Guo Y;Stephens R;Baseler MW;Lane HC;Lempicki RA
大卫生物信息学资源中的所有工具都旨在为来自基因组研究的大量基因提供功能解释。最近更新的大卫生物信息学资源包括大卫知识库和五个集成的、基于网络的功能注释工具套件：大卫基因功能分类工具、大卫功能注释工具、大卫基因ID转换工具、大卫基因名称查看器和大卫NIAID病原体基因组浏览器。扩大后的大卫知识库现在整合了大卫基因概念集中的几乎所有主要和知名的公共生物信息学资源，这是一种单一链接方法，从各种公共生物信息学数据库中聚集了数千万种不同的基因/蛋白质识别符和注释术语。对于任何上传的基因列表，David Resources现在不仅提供了典型的基因术语丰富分析，还提供了新的工具和功能，允许用户将大型基因列表压缩为基因功能组，在基因/蛋白质标识符之间进行转换，可视化多基因对多术语的关系，将冗余和不同种类的术语聚集到组中，搜索感兴趣和相关的基因或术语，动态查看生物路径上列表中的基因等等。有了David(http://david.niaid.nih.gov)，)，研究人员获得了更多的权力来解释与大型基因列表相关的生物机制。
All tools in the DAVID Bioinformatics Resources aim to provide functional interpretation of large lists of genes derived from genomic studies. The newly updated DAVID Bioinformatics Resources consists of the DAVID Knowledgebase and five integrated, web-based functional annotation tool suites: the DAVID Gene Functional Classification Tool, the DAVID Functional Annotation Tool, the DAVID Gene ID Conversion Tool, the DAVID Gene Name Viewer and the DAVID NIAID Pathogen Genome Browser. The expanded DAVID Knowledgebase now integrates almost all major and well-known public bioinformatics resources centralized by the DAVID Gene Concept, a single-linkage method to agglomerate tens of millions of diverse gene/protein identifiers and annotation terms from a variety of public bioinformatics databases. For any uploaded gene list, the DAVID Resources now provides not only the typical gene-term enrichment analysis, but also new tools and functions that allow users to condense large gene lists into gene functional groups, convert between gene/protein identifiers, visualize many-genes-to-many-terms relationships, cluster redundant and heterogeneous terms into groups, search for interesting and related genes or terms, dynamically view genes from their lists on bio-pathways and more. With DAVID (http://david.niaid.nih.gov), investigators gain more power to interpret the biological mechanisms associated with large gene lists.
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