Applying Differentially Expressed Genes From Rodent Models of Chronic Stress to Research of Stress-Related Disease: An Online Database
Applying Differentially Expressed Genes From Rodent Models of Chronic Stress to Research of Stress-Related Disease: An Online Database
复制标题
将慢性应激啮齿动物模型的差异表达基因应用于应激相关疾病的研究：在线数据库
DOI：
10.1097/psy.0000000000000102
复制
发表时间：
2014-10
影响因子：
3.3
通讯作者：
Wang, Jing
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Du, Yang;Chang, Suhua;Zhang, Weina;Wang, Jing
目的系统收集慢性应激（CS）啮齿动物模型中的差异表达基因（DEG），并将其应用于应激相关疾病的研究。 CS是可能影响多种复杂疾病的重要环境因素。从啮齿动物模型中鉴定出的相关 DEG 为理解压力相关疾病的机制提供了有价值的信息。目前，还没有开发出合适的数据工具来使用此类数据。方法 我们系统地检索和回顾了 PubMed 中的出版物。 CS-DEGs 是从报告 CS 啮齿动物模型中基因表达状态的原始研究中收集的。基于CS-DEGs分析CS疾病重叠基因、CS通路和CS通路簇以及CS调控元件。开发了一个在线数据库来存储和管理精选的 CS-DEG 和分析数据。结果 195篇文章共收集到2956个CS-DEG，其中CS与7种应激相关疾病共有815个基因。鉴定出 927 个 CS 通路簇。所有 CS 基因都预测了三种类型的 CS 调控元件。在线数据库 (CS-DEG) 可在 http://cs.psych.ac.cn 免费获取，包含并呈现 CS-DEG 和所有分析数据。结论 CS-DEGs 是第一个 CS 研究基因数据库。它使研究人员能够将啮齿动物表达数据应用于候选基因和通路识别中，以进行应激相关疾病研究。
Objective To systematically collect differentially expressed genes (DEGs) from rodent models of chronic stress (CS) and apply them to research of stress-related disease. CS is an important environmental factor that may affect numerous complex diseases. Its relevant DEGs identified from rodent models provide valuable information for understanding the mechanisms underlying stress-related diseases. Currently, no suitable data tool have been developed to use such data. Methods We systematically searched and reviewed publications in PubMed. CS-DEGs were collected from original studies that reported gene expression statuses in rodent models of CS. CS disease overlapping genes, CS pathways and CS pathway clusters, and CS regulatory elements were analyzed on the basis of CS-DEGs. An online database was developed to store and manage curated CS-DEGs and analyzed data. Results A total of 2956 CS-DEGs were collected from 195 articles, among which 815 genes are shared among CS and seven stress-related diseases. Nine hundred twenty-seven CS pathway clusters were identified. Three types of CS regulatory elements are predicted for all CS genes. An online database (CS-DEGs), freely available at http://cs.psych.ac.cn, includes and presents CS-DEGs and all analyzed data. Conclusions CS-DEGs is the first gene database on CS research. It enables researchers to apply rodent expression data in candidate gene and pathway identification for stress-related disease study.
登录
查看更多内容
MicroRNA和转录因子共调控网络分析揭示miR-19抑制T细胞急性淋巴细胞白血病中的CYLD
影响因子：
14.9
作者：
Ye H;Liu X;Lv M;Wu Y;Kuang S;Gong J;Yuan P;Zhong Z;Li Q;Jia H;Sun J;Chen Z;Guo AY
通讯作者：
Guo AY
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Amode MR;Barrell D;Beal K;Billis K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fitzgerald S;Gil L;Girón CG;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Johnson N;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Kulesha E;Martin FJ;Maurel T;McLaren WM;Murphy DN;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ruffier M;Sheppard D;Taylor K;Thormann A;Trevanion SJ;Vullo A;Wilder SP;Wilson M;Zadissa A;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Kinsella R;Muffato M;Parker A;Spudich G;Yates A;Zerbino DR;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
14.9
作者：
D'Antonio M;Pendino V;Sinha S;Ciccarelli FD
通讯作者：
Ciccarelli FD
心理困扰的倾向与阿尔茨海默病的风险有关
影响因子：
9.9
作者：
J. Kelly;C. Filley
通讯作者：
C. Filley
影响因子：
37.3
作者：
Arranz A;Venihaki M;Mol B;Androulidaki A;Dermitzaki E;Rassouli O;Ripoll J;Stathopoulos EN;Gomariz RP;Margioris AN;Tsatsanis C
通讯作者：
Tsatsanis C