Identification of regulatory RNAs in Bacillus subtilis.
Identification of regulatory RNAs in Bacillus subtilis.
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DOI：
10.1093/nar/gkq454
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发表时间：
2010-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Winkler WC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Irnov I;Sharma CM;Vogel J;Winkler WC
转录后调控机制在细菌中广泛存在。有趣的是，目前公布的数据暗示，其中一些机制在系统发育分布方面可能是非随机的。虽然小的反式调节rna通常出现在细菌基因组中，但它们在革兰氏阴性细菌中得到了更好的表征，这给人的印象是它们对厚壁菌门可能不太重要。据推测，革兰氏阳性细菌，特别是厚壁菌门，可能比反式作用的调控rna更经常地利用位于5 ' mRNA先导区的顺式作用调控rna。在本分析中，我们通过基于深度测序的方法，对枯草芽孢杆菌（厚壁菌门的模式微生物）的两类调节RNA候选物进行了分类。我们成功地恢复了大多数已知的小RNA调节因子，同时也鉴定了更多的新的候选RNA。我们预计这些数据将为枯草芽孢杆菌和其他厚壁菌门的转录后调控策略分析提供广泛有用的资源。
Post-transcriptional regulatory mechanisms are widespread in bacteria. Interestingly, current published data hint that some of these mechanisms may be non-random with respect to their phylogenetic distribution. Although small, trans-acting regulatory RNAs commonly occur in bacterial genomes, they have been better characterized in Gram-negative bacteria, leaving the impression that they may be less important for Firmicutes. It has been presumed that Gram-positive bacteria, in particular the Firmicutes, are likely to utilize cis-acting regulatory RNAs located within the 5′ mRNA leader region more often than trans-acting regulatory RNAs. In this analysis we catalog, by a deep sequencing-based approach, both classes of regulatory RNA candidates for Bacillus subtilis, the model microorganism for Firmicutes. We successfully recover most of the known small RNA regulators while also identifying a greater number of new candidate RNAs. We anticipate these data to be a broadly useful resource for analysis of post-transcriptional regulatory strategies in B. subtilis and other Firmicutes.
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影响因子：
14.9
作者：
Geissmann T;Chevalier C;Cros MJ;Boisset S;Fechter P;Noirot C;Schrenzel J;François P;Vandenesch F;Gaspin C;Romby P
通讯作者：
Romby P
影响因子：
16
作者：
Bouvier, Marie;Sharma, Cynthia M.;Vogel, Joerg
通讯作者：
Vogel, Joerg
DOI：
10.1073/pnas.89.21.10410
发表时间：
1992-11-01
影响因子：
11.1
作者：
AYMERICH, S;STEINMETZ, M
通讯作者：
STEINMETZ, M
影响因子：
10.5
作者：
Boisset, Sandrine;Geissmann, Thomas;Romby, Pascale
通讯作者：
Romby, Pascale
影响因子：
10.5
作者：
Babitzke P;Baker CS;Romeo T
通讯作者：
Romeo T