The variable codons of H5N1 avian influenza A virus haemagglutinin genes
The variable codons of H5N1 avian influenza A virus haemagglutinin genes
复制标题
H5N1甲型禽流感病毒血凝素基因的可变密码子
DOI：
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Chaodong Zhu
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Weifeng Shi;M. Gibbs;Yan;Dongming Zhuang;Ai;Guan Yu;N. Yang;R. Murphy;Chaodong Zhu
我们利用固定效应似然模型研究了H5N1禽流感病毒血凝素基因的选择压力。除了2000年的病毒外，我们在1997年至2007年的分离株中发现了阳性选择的证据。来自东南亚、香港和中国大陆的病毒血凝素序列多态性最多，具有相似的非同义谱。在大多数地区的病毒中，一些位点被正选择，其中一些位点显示出不同的氨基酸模式。对于来自欧洲、非洲和俄罗斯的病毒以及来自不同宿主类型的病毒，选择似乎产生了不同的结果。发现一个位置仅对人类分离株有正选择。虽然一些正选择位点的功能尚不清楚，但我们的分析提供了H5N1禽流感病毒在时间、空间和宿主方面的不同适应证据。
We investigated the selection pressures on the haemagglutinin genes of H5N1 avian influenza viruses using fixed effects likelihood models. We found evidence of positive selection in the sequences from isolates from 1997 to 2007, except viruses from 2000. The haemagglutinin sequences of viruses from southeast Asia, Hong Kong and mainland China were the most polymorphic and had similar nonsynonymous profiles. Some sites were positively selected in viruses from most regions and a few of these sites displayed different amino acid patterns. Selection appeared to produce different outcomes in viruses from Europe, Africa and Russia and from different host types. One position was found to be positively selected for human isolates only. Although the functions of some positively selected positions are unknown, our analysis provided evidence of different temporal, spatial and host adaptations for H5N1 avian influenza viruses.
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影响因子：
10.7
作者：
S. Muse;B. Gaut
通讯作者：
S. Muse;B. Gaut
DOI：
10.1073/pnas.88.10.4270
发表时间：
1991-05-01
影响因子：
11.1
作者：
FITCH, WM;LEITER, JME;PALESE, P
通讯作者：
PALESE, P
影响因子：
3.3
作者：
R. Nielsen;Ziheng Yang
通讯作者：
R. Nielsen;Ziheng Yang
影响因子：
3.7
作者：
Smith, G. J. D.;Naipospos, T. S. P.;Guan, Y.
通讯作者：
Guan, Y.
影响因子：
10.7
作者：
Pond, SLK;Frost, SDW
通讯作者：
Frost, SDW