A chromosome-level genome of Astyanax mexicanus surface fish for comparing population-specific genetic differences contributing to trait evolution.
A chromosome-level genome of Astyanax mexicanus surface fish for comparing population-specific genetic differences contributing to trait evolution.
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DOI：
10.1038/s41467-021-21733-z
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发表时间：
2021-03-04
影响因子：
16.6
通讯作者：
Rohner N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Warren WC;Boggs TE;Borowsky R;Carlson BM;Ferrufino E;Gross JB;Hillier L;Hu Z;Keene AC;Kenzior A;Kowalko JE;Tomlinson C;Kremitzki M;Lemieux ME;Graves-Lindsay T;McGaugh SE;Miller JT;Mommersteeg MTM;Moran RL;Peuß R;Rice ES;Riddle MR;Sifuentes-Romero I;Stanhope BA;Tabin CJ;Thakur S;Yamamoto Y;Rohner N
确定复杂性状背后的遗传因素是理解进化机制基础的核心。洞穴居住的Astyanax mexicanus种群很好地适应了地下生活，许多种群似乎已经独立地进化出了troglomorphic性状，而表面居住的种群可以作为祖先形式的代理。在这里，我们提出了一个高分辨率，染色体水平的表面鱼基因组，使第一个全基因组比较表面鱼和洞穴鱼种群。利用这一资源，我们进行了数量性状位点（QTL）定位分析，并发现了新的候选基因，如dusp26的眼睛损失。我们在A. mexicanus的研究，以确认眼睛大小QTL rx3内的基因在眼睛形成中的重要作用。我们还对洞穴鱼种群中的缺失变异性进行了首次全基因组评估，以深入了解洞穴适应的这一潜在来源。水面鱼类基因组参考现在提供了一个更完整的资源，比较，功能和遗传研究的激烈性状差异的一个物种。墨西哥Tetra洞穴鱼长期以来一直对理解适应严重的环境变化感兴趣。在这里，作者为代理祖先表面鱼类提供了染色体水平的基因组，并使用CRISPR基因编辑来显示rx3基因在眼睛大小中的作用。
Identifying the genetic factors that underlie complex traits is central to understanding the mechanistic underpinnings of evolution. Cave-dwelling Astyanax mexicanus populations are well adapted to subterranean life and many populations appear to have evolved troglomorphic traits independently, while the surface-dwelling populations can be used as a proxy for the ancestral form. Here we present a high-resolution, chromosome-level surface fish genome, enabling the first genome-wide comparison between surface fish and cavefish populations. Using this resource, we performed quantitative trait locus (QTL) mapping analyses and found new candidate genes for eye loss such as dusp26. We used CRISPR gene editing in A. mexicanus to confirm the essential role of a gene within an eye size QTL, rx3, in eye formation. We also generated the first genome-wide evaluation of deletion variability across cavefish populations to gain insight into this potential source of cave adaptation. The surface fish genome reference now provides a more complete resource for comparative, functional and genetic studies of drastic trait differences within a species. Mexican Tetra cavefish have long been of interest in understanding adaptation to severe environmental change. Here the authors present a chromosome-level genome for the proxy-ancestral surface fish, and use CRISPR gene-editing to show the role of the rx3 gene in eye size.
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DOI：
10.1002/ar.23998
发表时间：
2020-01
期刊：
Anatomical record (Hoboken, N.J. : 2007)
影响因子：
--
作者：
Gross JB;Powers AK
通讯作者：
Powers AK
影响因子：
2
作者：
Hinaux, Helene;Pottin, Karen;Retaux, Sylvie
通讯作者：
Retaux, Sylvie
DOI：
10.1073/pnas.1308335110
发表时间：
2013-08-20
影响因子：
11.1
作者：
Jao, Li-En;Wente, Susan R.;Chen, Wenbiao
通讯作者：
Chen, Wenbiao
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
DOI：
10.1242/dev.097048
发表时间：
2013-10
期刊：
Development (Cambridge, England)
影响因子：
--
作者：
Cavodeassi F;Ivanovitch K;Wilson SW
通讯作者：
Wilson SW