The Landscape of long noncoding RNA classification.
The Landscape of long noncoding RNA classification.
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DOI：
10.1016/j.tig.2015.03.007
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发表时间：
2015-05
影响因子：
11.4
通讯作者：
Kapranov, Philipp
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
St Laurent, Georges;Wahlestedt, Claes;Kapranov, Philipp
关键词：
转录组测序的深度和质量的进展揭示了许多新的长链非编码RNA（lncRNA）类别。lncRNA分类迅速发展以适应这些新的发现，即使非编码转录组的真实的尺寸和复杂性仍然未知。尽管特异性lncRNA的功能性的证据继续积累，但冲突、混乱和重叠的术语在该领域中一般造成了歧义和缺乏清晰度。缺乏基本的概念明确的分类框架导致了非编码转录组数据的注释和解释中的许多挑战。它也可能破坏新的基因组方法和数据集的整合，以揭示lncRNA的功能。在这里，我们回顾现有的lncRNA分类，命名和术语。然后，我们描述了概念的指导方针，已经出现了他们的分类和功能注释的基础上扩大和更全面的使用大型系统的生物学为基础的数据集。
Advances in the depth and quality of transcriptome sequencing have revealed many new classes of long non-coding RNAs (lncRNAs). lncRNA classification has mushroomed to accommodate these new findings, even though the real dimensions and complexity of the non-coding transcriptome remain unknown. Although evidence of functionality of specific lncRNAs continues to accumulate, conflicting, confusing, and overlapping terminology has fostered ambiguity and lack of clarity in the field in general. The lack of fundamental conceptual un-ambiguous classification framework results in a number of challenges in the annotation and interpretation of non-coding transcriptome data. It also might undermine integration of the new genomic methods and datasets in an effort to unravel function of lncRNA. Here, we review existing lncRNA classifications, nomenclature, and terminology. Then we describe the conceptual guidelines that have emerged for their classification and functional annotation based on expanding and more comprehensive use of large systems biology-based datasets.
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
56.9
作者：
Cheng, J;Kapranov, P;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
影响因子：
46.9
作者：
Boley N;Stoiber MH;Booth BW;Wan KH;Hoskins RA;Bickel PJ;Celniker SE;Brown JB
通讯作者：
Brown JB
影响因子：
4.5
作者：
Burd CE;Jeck WR;Liu Y;Sanoff HK;Wang Z;Sharpless NE
通讯作者：
Sharpless NE
影响因子：
3.7
作者：
Derrien T;Estellé J;Marco Sola S;Knowles DG;Raineri E;Guigó R;Ribeca P
通讯作者：
Ribeca P