miROrtho: computational survey of microRNA genes.
miROrtho: computational survey of microRNA genes.
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DOI：
10.1093/nar/gkn707
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zdobnov EM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gerlach D;Kriventseva EV;Rahman N;Vejnar CE;Zdobnov EM
微小RNA（microRNAs，miRNAs）是一类短的非蛋白质编码RNA，在后生动物基因转录后调控中发挥重要作用。成熟的122-nt长的RNA分子由基因组编码的茎环结构的前体基因加工而成。数百个这样的基因已经在脊椎动物基因组中得到实验验证，但它们的发现仍然具有挑战性，估计数量要高得多。miROtho数据库（http：//cegg.unige.ch/mirortho）提供了对大多数已测序后生动物基因组中的miRNA候选基因进行全面计算调查的结果。我们设计并应用了一个三层分析管道：（i）基于SVM的从头筛选有效的发夹，加上已知的miRNA的同源物，（ii）一个直系描绘程序和（iii）基于SVM的分类器的直系同源物多序列比对。该网络界面提供了对推定的miRNA注释、直系同源物多重比对、RNA二级结构保守性和序列数据的直接访问。miROtho数据在概念上与miRBase实验验证的miRNA序列目录互补，提供了一致的比较基因组学观点，并确定了许多具有强大进化支持的新miRNA基因。
MicroRNAs (miRNAs) are short, non-protein coding RNAs that direct the widespread phenomenon of post-transcriptional regulation of metazoan genes. The mature ∼22-nt long RNA molecules are processed from genome-encoded stem-loop structured precursor genes. Hundreds of such genes have been experimentally validated in vertebrate genomes, yet their discovery remains challenging, and substantially higher numbers have been estimated. The miROrtho database (http://cegg.unige.ch/mirortho) presents the results of a comprehensive computational survey of miRNA gene candidates across the majority of sequenced metazoan genomes. We designed and applied a three-tier analysis pipeline: (i) an SVM-based ab initio screen for potent hairpins, plus homologs of known miRNAs, (ii) an orthology delineation procedure and (iii) an SVM-based classifier of the ortholog multiple sequence alignments. The web interface provides direct access to putative miRNA annotations, ortholog multiple alignments, RNA secondary structure conservation, and sequence data. The miROrtho data are conceptually complementary to the miRBase catalog of experimentally verified miRNA sequences, providing a consistent comparative genomics perspective as well as identifying many novel miRNA genes with strong evolutionary support.
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Orthodb：真核直系同源物的分层目录。
影响因子：
14.9
作者：
Kriventseva, Evgenia V.;Rahman, Nazim;Espinosa, Octavio;Zdobnov, Evgeny M.
通讯作者：
Zdobnov, Evgeny M.
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作者：
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