OrthoDB: the hierarchical catalog of eukaryotic orthologs.
OrthoDB: the hierarchical catalog of eukaryotic orthologs.
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Orthodb：真核直系同源物的分层目录。
DOI：
10.1093/nar/gkm845
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zdobnov, Evgeny M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kriventseva, Evgenia V.;Rahman, Nazim;Espinosa, Octavio;Zdobnov, Evgeny M.
同源性的概念被广泛用于使用比较基因组学将不同物种的基因联系起来，它为推断基因功能提供了基础。在这里，我们提出了网络可访问的OrthoDB数据库，目录组的orthopathic基因在一个层次的方式，在每个辐射的物种亲缘关系，从更一般的群体更细粒度的划定密切相关的物种。我们使用了COG样和Inparanoid样直系同源物描绘程序的基础上，所有对所有史密斯-沃特曼序列比较，分析58个真核生物基因组，重点是脊椎动物，昆虫和真菌，以促进进一步的比较研究。该数据库可在http://cegg.unige.ch/orthodb上免费获取
The concept of orthology is widely used to relate genes across different species using comparative genomics, and it provides the basis for inferring gene function. Here we present the web accessible OrthoDB database that catalogs groups of orthologous genes in a hierarchical manner, at each radiation of the species phylogeny, from more general groups to more fine-grained delineations between closely related species. We used a COG-like and Inparanoid-like ortholog delineation procedure on the basis of all-against-all Smith-Waterman sequence comparisons to analyze 58 eukaryotic genomes, focusing on vertebrates, insects and fungi to facilitate further comparative studies. The database is freely available at http://cegg.unige.ch/orthodb
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影响因子：
14.9
作者：
Li, Heng;Coghlan, Avril;Ruan, Jue;Coin, Lachlan James;Heriche, Jean-Karim;Osmotherly, Lara;Li, Ruiqiang;Liu, Tao;Zhang, Zhang;Bolund, Lars;Wong, Gane Ka-Shu;Zheng, Weimou;Dehal, Paramvir;Wang, Jun;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
14.9
作者：
DURET, L;MOUCHIROUD, D;GOUY, M
通讯作者：
GOUY, M
影响因子：
3.2
作者：
JONES, CH;TATTI, KM;MORAN, CP
通讯作者：
MORAN, CP
影响因子：
11.4
作者：
Zdobnov, Evgeny M.;Bork, Peer
通讯作者：
Bork, Peer