Template-based combinatorial enumeration of virtual compound libraries for lipids.
Template-based combinatorial enumeration of virtual compound libraries for lipids.
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DOI：
10.1186/1758-2946-4-23
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发表时间：
2012-09-25
影响因子：
8.6
通讯作者：
Subramaniam S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sud M;Fahy E;Subramaniam S
有多种软件包可用于组合列举小分子的虚拟文库，从带有附着点的核心支架的规范和R基团的列表作为微笑或SD文件。尽管SD文件包括核心支架和R基团的原子坐标，但不可能控制为虚拟化合物文库生成的枚举结构的二维(2D)布局，因为不同的包为相同的结构生成不同的2D表示。我们开发了一个名为LipidMapsTools的软件包，用于基于模板的脂类虚拟化合物库的组合枚举。使用预定义模板和链缩写的匹配列表，而不是核心支架和用户提供的R基团的列表，为指定的脂类缩写列举虚拟文库。所列举的脂类的2D结构是按照脂类图谱联盟提出的表示脂类结构的框架以特定和一致的方式绘制的。LipidMapsTools是轻量级的，相对较快，并且不包含外部依赖。它是一个开放源码的包，根据修改后的BSD许可证条款可以免费获得。
A variety of software packages are available for the combinatorial enumeration of virtual libraries for small molecules, starting from specifications of core scaffolds with attachments points and lists of R-groups as SMILES or SD files. Although SD files include atomic coordinates for core scaffolds and R-groups, it is not possible to control 2-dimensional (2D) layout of the enumerated structures generated for virtual compound libraries because different packages generate different 2D representations for the same structure. We have developed a software package called LipidMapsTools for the template-based combinatorial enumeration of virtual compound libraries for lipids. Virtual libraries are enumerated for the specified lipid abbreviations using matching lists of pre-defined templates and chain abbreviations, instead of core scaffolds and lists of R-groups provided by the user. 2D structures of the enumerated lipids are drawn in a specific and consistent fashion adhering to the framework for representing lipid structures proposed by the LIPID MAPS consortium. LipidMapsTools is lightweight, relatively fast and contains no external dependencies. It is an open source package and freely available under the terms of the modified BSD license.
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DOI：
10.1002/anie.198205671
发表时间：
1982-01-01
期刊：
ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION IN ENGLISH
影响因子：
--
作者：
PRELOG, V;HELMCHEN, G
通讯作者：
HELMCHEN, G
DOI：
10.1021/ci9800209
发表时间：
1998-11-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Cramer, RD;Patterson, DE;Lawless, MS
通讯作者：
Lawless, MS
影响因子：
16.6
作者：
CAHN, RS;INGOLD, C;PRELOG, V
通讯作者：
PRELOG, V
影响因子：
6.7
作者：
Liao, CZ;Liu, B;Lu, XP
通讯作者：
Lu, XP
影响因子：
6.5
作者：
Fahy, Eoin;Subramaniam, Shankar;Dennis, Edward A.
通讯作者：
Dennis, Edward A.