WordSpy: identifying transcription factor binding motifs by building a dictionary and learning a grammar.
WordSpy: identifying transcription factor binding motifs by building a dictionary and learning a grammar.
复制标题
单词py：通过构建字典和学习语法来识别转录因子结合基序。
DOI：
10.1093/nar/gki492
复制
发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang G;Yu T;Zhang W
转录因子结合位点（TF binding sites or motifs，TFBM）是一类具有顺式调控功能的DNA序列，在基因转录调控中起着重要作用。虽然已经开发了许多实验和计算方法，但寻找TFBM仍然是一个具有挑战性的问题。我们提出并开发了一种新的基于字典的主题发现算法，我们称之为WordSpy。WordSpy的一个重要特征是单词计数方法和统计模型的组合，该模型由主题字典和指定其用法的语法组成。该算法适用于全基因组的基序发现，它是能够发现数百个基序从一个大的启动子集在一个单一的运行。我们进一步增强WordSpy的应用基因表达信息，以区分真正的TFBM假的，并通过纳入负序列，以确定歧视性的图案。此外，我们还使用从基因组中随机选择的启动子来评估所发现的基序的意义。WordSpy的输出包括一个有序的假定基序列表和一组具有突出显示的基序结合位点的调控序列。WordSpy的Web服务器位于。
Transcription factor (TF) binding sites or motifs (TFBMs) are functional cis-regulatory DNA sequences that play an essential role in gene transcriptional regulation. Although many experimental and computational methods have been developed, finding TFBMs remains a challenging problem. We propose and develop a novel dictionary based motif finding algorithm, which we call WordSpy. One significant feature of WordSpy is the combination of a word counting method and a statistical model which consists of a dictionary of motifs and a grammar specifying their usage. The algorithm is suitable for genome-wide motif finding; it is capable of discovering hundreds of motifs from a large set of promoters in a single run. We further enhance WordSpy by applying gene expression information to separate true TFBMs from spurious ones, and by incorporating negative sequences to identify discriminative motifs. In addition, we also use randomly selected promoters from the genome to evaluate the significance of the discovered motifs. The output from WordSpy consists of an ordered list of putative motifs and a set of regulatory sequences with motif binding sites highlighted. The web server of WordSpy is available at .
登录
查看更多内容
影响因子：
7.5
作者：
BAILEY, TL;ELKAN, C
通讯作者：
ELKAN, C
DOI：
10.1073/pnas.180265397
发表时间：
2000-08-29
影响因子：
11.1
作者：
Bussemaker, HJ;Li, H;Siggia, ED
通讯作者：
Siggia, ED
影响因子：
3.3
作者：
Spellman, PT;Sherlock, G;Futcher, B
通讯作者：
Futcher, B
影响因子：
56.9
作者：
Lee, TI;Rinaldi, NJ;Young, RA
通讯作者：
Young, RA
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1977.tb01600.x
发表时间：
1977-01-01
期刊：
JOURNAL OF THE ROYAL STATISTICAL SOCIETY SERIES B-METHODOLOGICAL
影响因子：
--
作者：
DEMPSTER, AP;LAIRD, NM;RUBIN, DB
通讯作者：
RUBIN, DB