FuseFISH: robust detection of transcribed gene fusions in single cells.
FuseFISH: robust detection of transcribed gene fusions in single cells.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2013.12.002
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发表时间：
2014-01-16
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
van Oudenaarden A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Semrau S;Crosetto N;Bienko M;Boni M;Bernasconi P;Chiarle R;van Oudenaarden A
转录的基因融合是许多血液和实体肿瘤中的关键生物标志物，通常代表原发性致癌驱动突变。在这里，我们报告了一个实验和计算管道检测融合转录使用单分子RNA FISH和无偏相关分析（FuseFISH）。我们构建了一个全基因组的最佳寡核苷酸序列数据库，能够快速设计针对已知和新型融合的FuseFISH探针。我们在细胞系、组织切片和纯化的RNA中实施了FuseFISH，在10，000个阴性细胞中可靠地检测到一个BCR-ABL 1阳性。在34例血液标本中，我们检测BCR-ABL 1转录本具有较高的特异性和敏感性。最后，我们测量了单个CML细胞暴露于激酶抑制剂尼洛替尼后BCR-ABL 1表达的异质性和动力学。我们的资源和方法是下一代测序新鉴定的融合体的简化验证的理想选择，并为研究融合体表达变异性对临床结果的影响铺平了道路。
Transcribed gene fusions are key biomarkers in many hematologic and solid tumors, often representing the primary oncogenic driver mutation. Here, we report an experimental and computational pipeline for detecting fusion transcripts using single-molecule RNA FISH and unbiased correlation analysis (FuseFISH). We constructed a genome-wide database of optimal oligonucleotide sequences, enabling quick design of FuseFISH probes against known and novel fusions. We implemented FuseFISH in cell lines, tissue sections, and purified RNA, reliably detecting one BCR-ABL1 positive in 10,000 negative cells. In 34 hematologic samples, we detected BCR-ABL1 transcripts with high specificity and sensitivity. Finally, we measured BCR-ABL1 expression heterogeneity and dynamics in single CML cells exposed to the kinase inhibitor Nilotinib. Our resource and methods are ideal for streamlined validation of fusions newly identified by next-generation sequencing, and pave the way to studying the impact of fusion expression variability on clinical outcome.
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Schiffer, Charles A.
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