Genomic landscape of single-stranded DNA gapped intermediates in Escherichia coli.
Genomic landscape of single-stranded DNA gapped intermediates in Escherichia coli.
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DOI：
10.1093/nar/gkab1269
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发表时间：
2022-01-25
影响因子：
14.9
通讯作者：
Goodman MF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pham P;Shao Y;Cox MM;Goodman MF
细菌基因组（gDNA）在复制、修复和重组过程中，在W-链和c -链上形成单链间隙区。利用非变性亚硫酸盐处理将C转化为ssDNA上的U，结合深度测序，我们绘制了在有和没有紫外线照射的中期生长的大肠杆菌细胞和固定相细胞中gDNA间隙的位置、大小和分布。W-链和c -链在gDNA上的ssDNA比例相似，对数相细胞为~ 1.3%，辐照对数相细胞为~ 4.8%，固定相细胞为~ 8.5%。紫外线照射后，间隙数量和平均长度增加。在有或没有紫外线的对数相细胞中，ssDNA的单调减少在DNA复制起点（OriC）和终点（Ter）之间对称地发生，这是DNA复制的一个标志特征。固定相细胞无OriC→Ter ssDNA梯度。我们已经确定了一个空间上多样化的缺口DNA景观，其中包含数千个高度富集的“热”ssDNA区域以及较少数量的“冷”区域。该分析可用于多种条件，以绘制DNA代谢途径被改变时产生的ssDNA间隙，并识别在间隙中结合的蛋白质。
Single-stranded (ss) gapped regions in bacterial genomes (gDNA) are formed on W- and C-strands during replication, repair, and recombination. Using non-denaturing bisulfite treatment to convert C to U on ssDNA, combined with deep sequencing, we have mapped gDNA gap locations, sizes, and distributions in Escherichia coli for cells grown in mid-log phase in the presence and absence of UV irradiation, and in stationary phase cells. The fraction of ssDNA on gDNA is similar for W- and C-strands, ∼1.3% for log phase cells, ∼4.8% for irradiated log phase cells, and ∼8.5% for stationary phase cells. After UV irradiation, gaps increased in numbers and average lengths. A monotonic reduction in ssDNA occurred symmetrically between the DNA replication origin of (OriC) and terminus (Ter) for log phase cells with and without UV, a hallmark feature of DNA replication. Stationary phase cells showed no OriC → Ter ssDNA gradient. We have identified a spatially diverse gapped DNA landscape containing thousands of highly enriched ‘hot’ ssDNA regions along with smaller numbers of ‘cold’ regions. This analysis can be used for a wide variety of conditions to map ssDNA gaps generated when DNA metabolic pathways have been altered, and to identify proteins bound in the gaps.
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影响因子：
64.8
作者：
Cox, MM;Goodman, MF;Marians, KJ
通讯作者：
Marians, KJ
DOI：
10.1073/pnas.0600785103
发表时间：
2006-06-13
影响因子：
11.1
作者：
Courcelle, Charmain T.;Chow, Kin-Hoe;Courcelle, Justin
通讯作者：
Courcelle, Justin
DOI：
10.1101/sqb.1968.033.01.023
发表时间：
1968-01-01
期刊：
COLD SPRING HARBOR SYMPOSIA ON QUANTITATIVE BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
HOWARDEL.P;RUPP, WD;COLE, RS
通讯作者：
COLE, RS
影响因子：
4.5
作者：
Duigou S;Boccard F
通讯作者：
Boccard F
影响因子：
5.6
作者：
Amado, Luciana;Kuzminov, Andrei
通讯作者：
Kuzminov, Andrei