riboviz: analysis and visualization of ribosome profiling datasets.
riboviz: analysis and visualization of ribosome profiling datasets.
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DOI：
10.1186/s12859-017-1873-8
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发表时间：
2017-10-25
影响因子：
3
通讯作者：
Shah P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carja O;Xing T;Wallace EWJ;Plotkin JB;Shah P
使用高通量测序来监测体内翻译，核糖体分析可以提供对细胞中蛋白质合成的动力学和调控的关键见解。自2009年推出以来，这项技术在推动生物发现方面发挥了关键作用，但它需要一个严格的计算工具包才能广泛采用。我们已经开发了一个数据库和一个基于浏览器的可视化工具riboviz，可以探索和分析riboseq数据集。在实施过程中，riboviz由一个全面而灵活的计算管道组成，允许用户分析私有的、未发布的数据集，沿着一个网络应用程序，用于与已发布的酵母数据集进行比较。源代码和详细文档可从https://github.com/shahpr/RiboViz免费获得。该网络应用程序在www.riboviz.org上运行。riboviz提供了一个全面的数据库、分析和可视化工具，可以对核糖体分析数据集进行比较分析。该工具包将使研究全基因组核糖体分析数据的系统生物学家社区以及专注于单个基因的研究小组能够识别不同生物体和条件下的转录和翻译调控模式。
Using high-throughput sequencing to monitor translation in vivo, ribosome profiling can provide critical insights into the dynamics and regulation of protein synthesis in a cell. Since its introduction in 2009, this technique has played a key role in driving biological discovery, and yet it requires a rigorous computational toolkit for widespread adoption. We have developed a database and a browser-based visualization tool, riboviz, that enables exploration and analysis of riboseq datasets. In implementation, riboviz consists of a comprehensive and flexible computational pipeline that allows the user to analyze private, unpublished datasets, along with a web application for comparison with published yeast datasets. Source code and detailed documentation are freely available from https://github.com/shahpr/RiboViz. The web-application is live at www.riboviz.org. riboviz provides a comprehensive database and analysis and visualization tool to enable comparative analyses of ribosome-profiling datasets. This toolkit will enable both the community of systems biologists who study genome-wide ribosome profiling data and also research groups focused on individual genes to identify patterns of transcriptional and translational regulation across different organisms and conditions.
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DOI：
10.1126/science.1227919
发表时间：
2012-11-23
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Stern-Ginossar N;Weisburd B;Michalski A;Le VT;Hein MY;Huang SX;Ma M;Shen B;Qian SB;Hengel H;Mann M;Ingolia NT;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
核糖体分析揭示了果蝇果蝇中普遍存在的终止密码子读取。
影响因子：
7.7
作者：
Dunn JG;Foo CK;Belletier NG;Gavis ER;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS
影响因子：
7
作者：
Artieri CG;Fraser HB
通讯作者：
Fraser HB
影响因子：
64.5
作者：
Guydosh NR;Green R
通讯作者：
Green R