BacAnt: A Combination Annotation Server for Bacterial DNA Sequences to Identify Antibiotic Resistance Genes, Integrons, and Transposable Elements.
BacAnt: A Combination Annotation Server for Bacterial DNA Sequences to Identify Antibiotic Resistance Genes, Integrons, and Transposable Elements.
复制标题
BACANT：细菌DNA序列的组合注释服务器，以鉴定抗生素耐药性基因，整合元和转座元件。
DOI：
10.3389/fmicb.2021.649969
复制
发表时间：
2021
影响因子：
5.2
通讯作者：
Chen H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hua X;Liang Q;Deng M;He J;Wang M;Hong W;Wu J;Lu B;Leptihn S;Yu Y;Chen H
细菌全基因组测序（WGS）已成为诊断实验室的常规方法。WGS在临床上最有用的优点之一是能够预测细菌序列中的抗菌素耐药基因（ARG）和移动的遗传元件（MGE）。这允许对这些遗传特征进行全面调查，但也可用于流行病学研究。已经开发了大量的软件程序用于细菌DNA序列的详细注释，例如使用子系统技术的快速注释（RAST）、Resfinder、ISfinder、INTEGRALL和转座子注册表。不幸的是，到目前为止，还没有一个可靠的ARG和MGE组合的注释工具，并且genbank文件的生成需要大量的手动输入。在这里，我们提出了一个新的网络服务器，它允许注释的ARG，整合子和转座因子在同一时间。该管道自动生成genbank文件，这些文件与Easyfig兼容，用于比较基因组分析。我们的BacAnt代码和独立软件包可在https://github.com/xthua/bacant上获得http://bacant.net并在www.example.com上提供相应的Web应用程序。整体BacAnt的服务工作流程。该图是根据Integrontology的许可改编的。
Whole genome sequencing (WGS) of bacteria has become a routine method in diagnostic laboratories. One of the clinically most useful advantages of WGS is the ability to predict antimicrobial resistance genes (ARGs) and mobile genetic elements (MGEs) in bacterial sequences. This allows comprehensive investigations of such genetic features but can also be used for epidemiological studies. A plethora of software programs have been developed for the detailed annotation of bacterial DNA sequences, such as rapid annotation using subsystem technology (RAST), Resfinder, ISfinder, INTEGRALL and The Transposon Registry. Unfortunately, to this day, a reliable annotation tool of the combination of ARGs and MGEs is not available, and the generation of genbank files requires much manual input. Here, we present a new webserver which allows the annotation of ARGs, integrons and transposable elements at the same time. The pipeline generates genbank files automatically, which are compatible with Easyfig for comparative genomic analysis. Our BacAnt code and standalone software package are available at https://github.com/xthua/bacant with an accompanying web application at http://bacant.net. Overall BacAnt’s service workflow. The figure is adapted with permissions from IntegronFinder.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.2
作者：
Leal, Nilma C.;Campos, Tulio L.;de-Melo-Neto, Osvaldo P.
通讯作者：
de-Melo-Neto, Osvaldo P.
影响因子：
5.2
作者：
Chen Q;Lin Y;Li Z;Lu L;Li P;Wang K;Yang L;Ma H;Li P;Song H
通讯作者：
Song H
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
4.8
作者：
Razavi, Mohammad;Kristiansson, Erik;Larsson, D. G. Joakim
通讯作者：
Larsson, D. G. Joakim
影响因子：
5.2
作者：
Zhou K;Lokate M;Deurenberg RH;Arends J;Lo-Ten Foe J;Grundmann H;Rossen JW;Friedrich AW
通讯作者：
Friedrich AW