jmzIdentML API: A Java interface to the mzIdentML standard for peptide and protein identification data.
jmzIdentML API: A Java interface to the mzIdentML standard for peptide and protein identification data.
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DOI：
10.1002/pmic.201100577
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发表时间：
2012-03
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Jones, Andrew R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Reisinger, Florian;Krishna, Ritesh;Ghali, Fawaz;Rios, Daniel;Hermjakob, Henning;Vizcaino, Juan Antonio;Jones, Andrew R.
我们提出了一个Java应用程序编程接口（API）， jmzIdentML，用于人类蛋白质组组织（HUPO）蛋白质组学标准倡议（PSI） mzIdentML标准，用于肽和蛋白质鉴定数据。该API结合了Java XML绑定体系结构（JAXB）的强大功能和基于xpath的随机访问索引器，允许将可扩展标记语言（XML）元素快速有效地映射到Java对象。mzIdentML文件中的内部引用以按需方式解析，其中整个文件作为随机访问交换文件进行访问，并且只选择相关的xml片段映射到相应的Java对象。api在内存使用方面非常高效，可以处理任意大小的文件。该api遵循mzIdentML （version 1.1）规范的正式发布，可以在http://www.code.google.com/p/jmzidentml/的许可许可下从公共领域获得。
We present a Java application programming interface (API), jmzIdentML, for the Human Proteome Organisation (HUPO) Proteomics Standards Initiative (PSI) mzIdentML standard for peptide and protein identification data. The API combines the power of Java Architecture of XML Binding (JAXB) and an XPath-based random-access indexer to allow a fast and efficient mapping of extensible markup language (XML) elements to Java objects. The internal references in the mzIdentML files are resolved in an on-demand manner, where the whole file is accessed as a random-access swap file, and only the relevant piece of XMLis selected for mapping to its corresponding Java object. The APIis highly efficient in its memory usage and can handle files of arbitrary sizes. The APIfollows the official release of the mzIdentML (version 1.1) specifications and is available in the public domain under a permissive licence at http://www.code.google.com/p/jmzidentml/.
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影响因子：
3
作者：
Sturm M;Bertsch A;Gröpl C;Hildebrandt A;Hussong R;Lange E;Pfeifer N;Schulz-Trieglaff O;Zerck A;Reinert K;Kohlbacher O
通讯作者：
Kohlbacher O
影响因子：
4.4
作者：
Wedge, David C.;Krishna, Ritesh;Blackhurst, Paul;Siepen, Jennifer A.;Jones, Andrew R.;Hubbard, Simon J.
通讯作者：
Hubbard, Simon J.
影响因子：
3.4
作者：
Barsnes, Harald;Huber, Steffen;Martens, Lennart
通讯作者：
Martens, Lennart
影响因子：
5.8
作者：
Kessner, Darren;Chambers, Matt;Mallick, Parag
通讯作者：
Mallick, Parag
影响因子：
3.4
作者：
Muth, Thilo;Vaudel, Marc;Sickmann, Albert
通讯作者：
Sickmann, Albert