Prospecting for Zoonotic Pathogens by Using Targeted DNA Enrichment.
Prospecting for Zoonotic Pathogens by Using Targeted DNA Enrichment.
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DOI：
10.3201/eid2908.221818
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发表时间：
2023-08
影响因子：
11.8
通讯作者：
Platt, Roy N.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Enabulele, Egie E.;Le Clec'h, Winka;Roberts, Emma K.;Thompson, Cody W.;McDonough, Molly M.;Ferguson, Adam W.;Bradley, Robert D.;Anderson, Timothy J. C.;Platt, Roy N.
60多种人畜共患病与小型哺乳动物有关，包括人类历史上一些最具破坏性的病原体。数百万个博物馆存档的组织可用于了解这些病原体的自然历史。我们的目标是通过使用靶向序列捕获，最大限度地发挥博物馆收藏品对病原体研究的价值。我们生成了一个探针面板，其中包括39，916个80 bp RNA探针，靶向32个病原体组，包括细菌，蠕虫，真菌和原生动物。实验室生成的模拟对照样品表明，我们能够从病原体DNA中富集2，882至6，746倍的靶向基因座。我们在博物馆存档的样本中鉴定了细菌种类，包括巴尔通体，一种已知的人类人兽共患病。这些结果表明，基于探针的病原体富集是一种高度可定制和有效的方法，用于从博物馆存档的组织中识别病原体。
More than 60 zoonoses are linked to small mammals, including some of the most devastating pathogens in human history. Millions of museum-archived tissues are available to understand natural history of those pathogens. Our goal was to maximize the value of museum collections for pathogen-based research by using targeted sequence capture. We generated a probe panel that includes 39,916 80-bp RNA probes targeting 32 pathogen groups, including bacteria, helminths, fungi, and protozoans. Laboratory-generated, mock-control samples showed that we are capable of enriching targeted loci from pathogen DNA 2,882‒6,746-fold. We identified bacterial species in museum-archived samples, including Bartonella, a known human zoonosis. These results showed that probe-based enrichment of pathogens is a highly customizable and efficient method for identifying pathogens from museum-archived tissues.
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影响因子：
3.7
作者：
Angus AA;Agapakis CM;Fong S;Yerrapragada S;Estrada-de los Santos P;Yang P;Song N;Kano S;Caballero-Mellado J;de Faria SM;Dakora FD;Weinstock G;Hirsch AM
通讯作者：
Hirsch AM
影响因子：
3.7
作者：
Gotia HT;Munro JB;Knowles DP;Daubenberger CA;Bishop RP;Silva JC
通讯作者：
Silva JC
DOI：
10.1128/cdli.9.1.8-18.2002
发表时间：
2002-01-01
期刊：
CLINICAL AND DIAGNOSTIC LABORATORY IMMUNOLOGY
影响因子：
--
作者：
Jacomo, V;Kelly, PJ;Raoult, D
通讯作者：
Raoult, D
DOI：
10.1073/pnas.1820447116
发表时间：
2019-06-18
影响因子：
11.1
作者：
Keller, Marcel;Spyrou, Maria A.;Krause, Johannes
通讯作者：
Krause, Johannes
影响因子：
1.7
作者：
McLean, Bryan S.;Bell, Kayce C.;Cook, Joseph A.
通讯作者：
Cook, Joseph A.