Computational prediction of intracellular targets of wild-type or mutant vesicular stomatitis matrix protein.
Computational prediction of intracellular targets of wild-type or mutant vesicular stomatitis matrix protein.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0263065
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Ferran MC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Morris MC;Russell TM;Lyman CA;Wong WK;Broderick G;Ferran MC
水泡性口炎病毒（VSV）的基质（M）蛋白在感染和免疫逃避中具有复杂的作用，特别是在抑制I型干扰素（IFN）方面。携带野生型（wt）M蛋白的病毒株能够抑制I型IFN应答。我们最近报道了VSV 22-25株编码一种野生型M蛋白，然而其姐妹噬菌斑分离株22-20株携带M[MD52 G]突变，该突变干扰了M蛋白阻断NFκB的能力，但不干扰M介导的宿主转录抑制。因此，尽管NFκB在22-20感染的小鼠L929细胞中被激活，但不产生IFN mRNA或蛋白质。为了研究M[D52 G]突变对VSV免疫逃避的影响，我们使用来自感染wt、22-25或22-20的L929细胞的转录组数据来定义可执行逻辑模型家族中的参数，目的是发现编码wt或突变M蛋白的病毒的直接靶标。经过几代修剪或固定假设的监管相互作用，我们确定了每个菌株的特定预测目标。我们预测wt和22-25 VSV都对NFκB信号通路的关键元件具有直接抑制作用，而22-20不能抑制该通路。
The matrix (M) protein of vesicular stomatitis virus (VSV) has a complex role in infection and immune evasion, particularly with respect to suppression of Type I interferon (IFN). Viral strains bearing the wild-type (wt) M protein are able to suppress Type I IFN responses. We recently reported that the 22–25 strain of VSV encodes a wt M protein, however its sister plaque isolate, strain 22–20, carries a M[MD52G] mutation that perturbs the ability of the M protein to block NFκB, but not M-mediated inhibition of host transcription. Therefore, although NFκB is activated in 22–20 infected murine L929 cells infected, no IFN mRNA or protein is produced. To investigate the impact of the M[D52G] mutation on immune evasion by VSV, we used transcriptomic data from L929 cells infected with wt, 22–25, or 22–20 to define parameters in a family of executable logical models with the aim of discovering direct targets of viruses encoding a wt or mutant M protein. After several generations of pruning or fixing hypothetical regulatory interactions, we identified specific predicted targets of each strain. We predict that wt and 22–25 VSV both have direct inhibitory actions on key elements of the NFκB signaling pathway, while 22–20 fails to inhibit this pathway.
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