Challenges and triumphs to genomics-based natural product discovery.
Challenges and triumphs to genomics-based natural product discovery.
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基于基因组学的自然产品发现的挑战和胜利。
DOI：
10.1007/s10295-013-1353-8
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发表时间：
2014-02
影响因子：
3.4
通讯作者：
Ziemert, Nadine
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jensen, Paul R.;Chavarria, Krystle L.;Fenical, William;Moore, Bradley S.;Ziemert, Nadine
基因组测序提供了在化学分析或生物测试之前评估菌株生物合成潜力的机会，正在迅速改变天然产物研究领域。对序列数据的随时访问正在推动新的生物信息学工具和方法的发展，以确定沉默或神秘途径的产物。虽然基因组挖掘已迅速成为发现天然产物的一种有用方法，但很明显，识别感兴趣的途径比寻找相关产物要容易得多。这导致了发现过程中的瓶颈，必须克服这些瓶颈，才能充分实现基于基因组学的天然产物发现的潜力。从这个角度来看，我们在我们与海洋放线菌属Salinispora的工作背景下解决了一些这些挑战，这被证明是一个有用的模型，将基因组挖掘作为一种天然产物发现的方法。
Genome sequencing is rapidly changing the field of natural products research by providing opportunities to assess the biosynthetic potential of strains prior to chemical analysis or biological testing. Ready access to sequence data is driving the development of new bioinformatic tools and methods to identify the products of silent or cryptic pathways. While genome mining has fast become a useful approach to natural product discovery, it has also become clear that identifying pathways of interest is much easier than finding the associated products. This has led to bottlenecks in the discovery process that must be overcome for the potential of genomics-based natural product discovery to be fully realized. In this perspective, we address some of these challenges in the context of our work with the marine actinomycete genus Salinispora, which is proving to be a useful model with which to apply genome mining as an approach to natural product discovery.
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影响因子：
15
作者：
Yamanaka K;Ryan KS;Gulder TA;Hughes CC;Moore BS
通讯作者：
Moore BS
影响因子：
10.7
作者：
Medema MH;Takano E;Breitling R
通讯作者：
Breitling R
影响因子：
5.1
作者：
Eustaquio, Alessandra S.;O'Hagan, David;Moore, Bradley S.
通讯作者：
Moore, Bradley S.
DOI：
10.1073/pnas.0700962104
发表时间：
2007-06-19
影响因子：
11.1
作者：
Udwary, Daniel W.;Zeigler, Lisa;Moore, Bradley S.
通讯作者：
Moore, Bradley S.
DOI：
10.1007/s10482-013-9886-4
发表时间：
2013-05-01
影响因子：
2.6
作者：
Ahmed, Lina;Jensen, Paul R.;Goodfellow, Michael
通讯作者：
Goodfellow, Michael