SeekDeep: single-base resolution de novo clustering for amplicon deep sequencing.
SeekDeep: single-base resolution de novo clustering for amplicon deep sequencing.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1201
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发表时间：
2018-02-28
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bailey JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hathaway NJ;Parobek CM;Juliano JJ;Bailey JA
PCR扩增子深度测序继续改变病毒、细菌和真核生物群体遗传多样性的研究。在真核生物群体中，如恶性疟原虫感染，区分单核苷酸多态性不同的序列是很重要的。在细菌群体中，单碱基分辨率可以提供针对物种和菌株的改进的分辨率。在这里，我们介绍了围绕qluster算法构建的SeekDeep套件，它能够准确地构建代表真实的、生物学局部单倍型的从头聚类，这些单倍型仅相差一个碱基。无论是解析单碱基差异还是传统OTU，它都优于当前软件，尤其是在低频和低输入读取深度下。SeekDeep是开源的，可与所有主要的测序技术配合使用，使其在扩增子深度测序的各种应用中广泛使用，以提取准确和最大的生物信息。
PCR amplicon deep sequencing continues to transform the investigation of genetic diversity in viral, bacterial, and eukaryotic populations. In eukaryotic populations such as Plasmodium falciparum infections, it is important to discriminate sequences differing by a single nucleotide polymorphism. In bacterial populations, single-base resolution can provide improved resolution towards species and strains. Here, we introduce the SeekDeep suite built around the qluster algorithm, which is capable of accurately building de novo clusters representing true, biological local haplotypes differing by just a single base. It outperforms current software, particularly at low frequencies and at low input read depths, whether resolving single-base differences or traditional OTUs. SeekDeep is open source and works with all major sequencing technologies, making it broadly useful in a wide variety of applications of amplicon deep sequencing to extract accurate and maximal biologic information.
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