A genome-scale resource for the functional characterization of Arabidopsis transcription factors.
A genome-scale resource for the functional characterization of Arabidopsis transcription factors.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2014.06.033
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发表时间：
2014-07-24
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Kay SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pruneda-Paz JL;Breton G;Nagel DH;Kang SE;Bonaldi K;Doherty CJ;Ravelo S;Galli M;Ecker JR;Kay SA
广泛的转录网络在细胞和生物体功能中起着重要作用。转录水平部分地由结合到基因启动子的多个转录因子（TF）的组合和重叠功能决定。TF-启动子相互作用因此提供了转录调控网络的基本分子布线。在植物中，发现TF的功能作用是有限的，由于TF家族的显着扩展网络电路的复杂性增加。在这里，我们提出了一个全面的克隆收集拟南芥TF创建提供一个通用的资源，揭示TF生物功能的建设。我们通过实施高通量DNA结合试验来利用这些集合，并确定了关键时钟基因（CCA 1）的直接调节因子，该基因提供了不同信号传导模块和昼夜节律钟之间的分子联系。在这项工作中介绍的资源将显着有助于更好地了解植物基因组的转录调控景观。
Extensive transcriptional networks play major roles in cellular and organismal functions. Transcript levels are in part determined by the combinatorial and overlapping functions of multiple transcription factors (TFs) bound to gene promoters. TF-promoter interactions thus provide the basic molecular wiring of transcriptional regulatory networks. In plants, discovery of the functional roles of TFs is limited by an increased complexity of network circuitry due to a significant expansion of TF families. Here, we present the construction of a comprehensive clone-collection of Arabidopsis TFs created to provide a versatile resource to uncover TF biological functions. We leveraged this collection by implementing a high-throughput DNA-binding assay and identified direct regulators of a key clock gene (CCA1) that provide molecular links between different signaling modules and the circadian clock. The resources introduced in this work will significantly contribute to a better understanding of the transcriptional regulatory landscape of plant genomes.
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DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
影响因子：
7.4
作者：
Hong, Sunghyun;Kim, Sun A.;McClung, C. Robertson
通讯作者：
McClung, C. Robertson
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
48
作者：
Gaudinier, Allison;Zhang, Lifang;Reece-Hoyes, John S.;Taylor-Teeples, Mallorie;Pu, Li;Liu, Zhijie;Breton, Ghislain;Pruneda-Paz, Jose L.;Kim, Dahae;Kay, Steve A.;Walhout, Albertha J. M.;Ware, Doreen;Brady, Siobhan M.
通讯作者：
Brady, Siobhan M.
影响因子：
7
作者：
Deplancke, B;Dupuy, D;Walhout, AJM
通讯作者：
Walhout, AJM