Real-Time Genomics for Tracking Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Border Incursions after Virus Elimination, New Zealand.
Real-Time Genomics for Tracking Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Border Incursions after Virus Elimination, New Zealand.
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DOI：
10.3201/eid2709.211097
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发表时间：
2021-09
影响因子：
11.8
通讯作者：
Welch D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Douglas J;Geoghegan JL;Hadfield J;Bouckaert R;Storey M;Ren X;de Ligt J;French N;Welch D
自2020年5月新西兰首次消除严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型以来，共发生了13起已知的冠状病毒病（COVID-19）社区疫情，其中2起导致卫生官员发出居家令。这些疫情是通过隔离返回者、航空公司工作人员和货船在边境爆发的。由于公共卫生系统通过实时病毒基因组测序获得信息，并且完整的基因组通常在社区阳性COVID-19检测结果的12小时内即可获得，因此每次疫情都得到了很好的控制。共有225例社区病例导致3人死亡。实时基因组学对于在流行病学数据无法做到的情况下建立病例之间的联系以及确定同时发生的疫情何时有不同的起源至关重要。
Since severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 was first eliminated in New Zealand in May 2020, a total of 13 known coronavirus disease (COVID-19) community outbreaks have occurred, 2 of which led health officials to issue stay-at-home orders. These outbreaks originated at the border via isolating returnees, airline workers, and cargo vessels. Because a public health system was informed by real-time viral genomic sequencing and complete genomes typically were available within 12 hours of community-based positive COVID-19 test results, every outbreak was well-contained. A total of 225 community cases resulted in 3 deaths. Real-time genomics were essential for establishing links between cases when epidemiologic data could not do so and for identifying when concurrent outbreaks had different origins.
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SARS-COV-2血统的估计可传播和影响B.1.1.7在英国。
DOI：
10.1126/science.abg3055
发表时间：
2021-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Davies NG;Abbott S;Barnard RC;Jarvis CI;Kucharski AJ;Munday JD;Pearson CAB;Russell TW;Tully DC;Washburne AD;Wenseleers T;Gimma A;Waites W;Wong KLM;van Zandvoort K;Silverman JD;CMMID COVID-19 Working Group;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Diaz-Ordaz K;Keogh R;Eggo RM;Funk S;Jit M;Atkins KE;Edmunds WJ
通讯作者：
Edmunds WJ
DOI：
10.1038/nrg.2017.88
发表时间：
2018-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Gardy JL;Loman NJ
通讯作者：
Loman NJ
影响因子：
5.3
作者：
Douglas J;Mendes FK;Bouckaert R;Xie D;Jiménez-Silva CL;Swanepoel C;de Ligt J;Ren X;Storey M;Hadfield J;Simpson CR;Geoghegan JL;Drummond AJ;Welch D
通讯作者：
Welch D
DOI：
10.1016/s2468-2667(20)30225-5
发表时间：
2020-11
期刊：
The Lancet. Public health
影响因子：
--
作者：
Jefferies S;French N;Gilkison C;Graham G;Hope V;Marshall J;McElnay C;McNeill A;Muellner P;Paine S;Prasad N;Scott J;Sherwood J;Yang L;Priest P
通讯作者：
Priest P
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM