A peptidoform based proteomic strategy for studying functions of post-translational modifications.
A peptidoform based proteomic strategy for studying functions of post-translational modifications.
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DOI：
10.1002/pmic.202100316
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发表时间：
2022-03
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Liu Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu Y
蛋白质翻译后修饰(PTM)产生一个巨大的，但尚未确定的，产生的蛋白质形式的扩张。在这一点上，我们首先回顾了蛋白质形式和多肽形式的概念。我们表明，目前的许多PTM生物学调查和注释研究大多遵循PTM位点特异性的方法，而不是蛋白质形式特异性的方法。我们进一步说明了一种潜在有用的匹配策略，在该策略中，特定的“修饰的多肽形式”与相应的“未修饰的多肽形式”相匹配，作为样品和条件之间的定量分析的参考。我们认为这一策略有可能为了解PTM特定部位的生物学功能提供更直接的相关信息。因此，我们主张在未来的自下而上的蛋白质组学研究中更广泛地使用“肽类”这一术语。
Protein post-translational modifications (PTMs) generate an enormous, but as yet undetermined, expansion of the produced proteoforms. In this Viewpoint, we firstly reviewed the concepts of proteoform and peptidoform. We show that many of the current PTM biological investigation and annotation studies largely follow a PTM site-specific rather than proteoform-specific approach. We further illustrate a potentially useful matching strategy in which a particular “modified peptidoform” is matched to the corresponding “unmodified peptidoform” as a reference for the quantitative analysis between samples and conditions. We suggest this strategy has the potential to provide more directly relevant information to learn the PTM site-specific biological functions. Accordingly, we advocate for the wider use of the nomenclature “peptidoform” in future bottom-up proteomic studies.
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