PhosphoSitePlus, 2014: mutations, PTMs and recalibrations.
PhosphoSitePlus, 2014: mutations, PTMs and recalibrations.
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DOI：
10.1093/nar/gku1267
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Skrzypek E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hornbeck PV;Zhang B;Murray B;Kornhauser JM;Latham V;Skrzypek E
PhosphoSitePlus®（PSP，http：//www.phosphosite.org/），一个专门用于哺乳动物翻译后修饰（PTM）的知识库，包含超过330000个非冗余PTM，包括磷酸基、乙酰基、遍在基和甲基。超过95%的站点来自质谱（MS）实验。为了提高数据的可靠性，对早期的质谱数据进行了重新分析，在超过100万个光谱中应用了通用的分析标准。过滤掉P > 0.05的位点分配。两个新的下载可从PSP。"Regulatory sites“数据集包括有关调节下游细胞过程、分子功能和蛋白质-蛋白质相互作用的修饰位点的精选信息。“PTMVar”数据集是PSP中错义突变和PTM的交叉点，识别了超过25000个PTMVar（受变体影响的PTM），这些PTMVar可以重新连接信号通路。PTMVar数据包括来自UniPROTKB、TCGA和其他来源的错义突变，这些错义突变导致超过2000种疾病或综合征（MIM）和多态性，或与数百种癌症相关。PTMVar包括18548个磷酸化位点、3412个泛素化位点、2316个乙酰化位点、685个甲基化位点和245个琥珀酰化位点。
PhosphoSitePlus® (PSP, http://www.phosphosite.org/), a knowledgebase dedicated to mammalian post-translational modifications (PTMs), contains over 330 000 non-redundant PTMs, including phospho, acetyl, ubiquityl and methyl groups. Over 95% of the sites are from mass spectrometry (MS) experiments. In order to improve data reliability, early MS data have been reanalyzed, applying a common standard of analysis across over 1 000 000 spectra. Site assignments with P > 0.05 were filtered out. Two new downloads are available from PSP. The ‘Regulatory sites’ dataset includes curated information about modification sites that regulate downstream cellular processes, molecular functions and protein-protein interactions. The ‘PTMVar’ dataset, an intersect of missense mutations and PTMs from PSP, identifies over 25 000 PTMVars (PTMs Impacted by Variants) that can rewire signaling pathways. The PTMVar data include missense mutations from UniPROTKB, TCGA and other sources that cause over 2000 diseases or syndromes (MIM) and polymorphisms, or are associated with hundreds of cancers. PTMVars include 18 548 phosphorlyation sites, 3412 ubiquitylation sites, 2316 acetylation sites, 685 methylation sites and 245 succinylation sites.
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