EPI-peptide designer: a tool for designing peptide ligand libraries based on epitope-paratope interactions
EPI-peptide designer: a tool for designing peptide ligand libraries based on epitope-paratope interactions
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EPI-肽设计器：基于表位-互补位相互作用设计肽配体库的工具
DOI：
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
L. Felicori
中科院分区：
文献类型：
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作者：
B. Viart;C. Dias;E. Kozlova;Camila Franco Batista de Oliveira;C. Nguyen;G. Neshich;C. Chávez;F. Molina;L. Felicori
动机
抗体是一类重要的生物药物，但存在药代动力学不充分、免疫原性差、生产成本高等局限性。针对所需靶点的合成肽是抗体的重要替代品。然而，目前还没有计算工具来指导这些多肽的设计。
结果
为了确定给定抗体-抗原(Ab-Ag)界面上的相互作用残基，我们使用了界面相互作用残基(I2R)，这是一种基于计算的分子相互作用的选择方法。表位和副表位残基之间的所有分子相互作用的聚集使我们能够将3D抗体-Ag络合物结构转化为界面图。基于这些数据和分子相互作用的可能性，我们开发了EPI-多肽设计器工具，该工具使用预测的感兴趣表位的副表位残基来生成目标多肽配基文库。EPI-多肽设计器成功预测了301个能够与LiD1目标蛋白结合的多肽(占实验测试多肽的65%)，与随机产生的多肽相比，富集率为22%。这一工具应该能够开发出在生物传感器、诊断和治疗领域非常有用的新一代合成相互作用多肽。
可用性和实施
在这项工作中开发的所有软件都可以在http://www.biocomp.icb.ufmg.br/biocomp/上获得
接触
邮箱：liza@icb.ufmg.br
补充信息
补充数据可在生物信息学在线上获得。
MOTIVATION
Antibodies are an important class of biological drugs, but with limitations, such as inadequate pharmacokinetics, adverse immunogenicity and high production costs. Synthetic peptides for the desired target represent an important alternative to antibodies. However, no computational tool exists to guide the design of these peptides.
RESULTS
To identify the interacting residues in a given antibody-antigen (Ab-Ag) interface we used Interface Interacting Residue (I2R), a selection method based on computed molecular interactions. The aggregation of all the molecular interactions between epitope and paratope residues allowed us to transform the 3D Ab-Ag complex structures into interface graphs. Based on these data and the probability of molecular interaction we developed EPI-Peptide Designer tool that uses predicted paratope residues for an epitope of interest to generate targeted peptide ligand libraries. EPI-Peptide Designer successfully predicted 301 peptides able to bind to LiD1 target protein (65% of the experimentally tested peptides), an enrichment of 22% compared to randomly generated peptides. This tool should enable the development of a new generation of synthetic interacting peptides that could be very useful in the biosensor, diagnostic and therapeutic fields.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
All software developed in this work are available at http://www.biocomp.icb.ufmg.br/biocomp/
CONTACT
liza@icb.ufmg.br
SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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2.7
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10.1016/j.bbapap.2011.12.007
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影响因子：
--
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