Human body epigenome maps reveal noncanonical DNA methylation variation.
Human body epigenome maps reveal noncanonical DNA methylation variation.
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DOI：
10.1038/nature14465
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发表时间：
2015-07-09
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Ecker, Joseph R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schultz, Matthew D.;He, Yupeng;Whitaker, John W.;Hariharan, Manoj;Mukamel, Eran A.;Leung, Danny;Rajagopal, Nisha;Nery, Joseph R.;Urich, Mark A.;Chen, Huaming;Lin, Shin;Lin, Yiing;Jung, Inkyung;Schmitt, Anthony D.;Selvaraj, Siddarth;Ren, Bing;Sejnowski, Terrence J.;Wang, Wei;Ecker, Joseph R.
了解人体组织的多样性是疾病的基础，需要将遗传信息（在大多数个体细胞中是相同的）与可能发挥组织特异性作用的表观遗传机制联系起来。人类组织中DNA甲基化的调查已经建立了一个复杂的景观，包括组织特异性和不变的甲基化模式。在这里，我们报告了高覆盖率的甲基化组，其在主要的人类器官系统的所有情况下对胞嘧啶甲基化进行分类，并与匹配的转录组和基因组序列相结合。通过将这些不同的数据类型与每个个体的定相基因组相结合，我们确定了广泛的组织特异性差异CG甲基化（mCG），部分甲基化结构域，等位基因特异性甲基化和转录，以及几乎所有人类组织中意外存在的非CG甲基化（mCH）。mCH与组织特异性功能相关，使用该标记，我们对特定组织中逃避X染色体失活的基因进行了新的预测。总体而言，在多种基因组背景下的DNA甲基化在人类组织中变化很大。
Understanding the diversity of human tissues is fundamental to disease and requires linking genetic information, which is identical in most of an individual’s cells, with epigenetic mechanisms that could play tissue-specific roles. Surveys of DNA methylation in human tissues have established a complex landscape including both tissue-specific and invariant methylation patterns. Here we report high coverage methylomes that catalogue cytosine methylation in all contexts for the major human organ systems, integrated with matched transcriptomes and genomic sequence. By combining these diverse data types with each individuals’ phased genome, we identified widespread tissue-specific differential CG methylation (mCG), partially methylated domains, allele-specific methylation and transcription, and the unexpected presence of non-CG methylation (mCH) in almost all human tissues. mCH correlated with tissue-specific functions, and using this mark, we made novel predictions of genes that escape X-chromosome inactivation in specific tissues. Overall, DNA methylation in multiple genomic contexts varies substantially among human tissues.
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影响因子：
7.7
作者：
Gutierrez-Arcelus M;Lappalainen T;Montgomery SB;Buil A;Ongen H;Yurovsky A;Bryois J;Giger T;Romano L;Planchon A;Falconnet E;Bielser D;Gagnebin M;Padioleau I;Borel C;Letourneau A;Makrythanasis P;Guipponi M;Gehrig C;Antonarakis SE;Dermitzakis ET
通讯作者：
Dermitzakis ET
影响因子：
64.5
作者：
Hnisz D;Abraham BJ;Lee TI;Lau A;Saint-André V;Sigova AA;Hoke HA;Young RA
通讯作者：
Young RA
影响因子：
48
作者：
Whitaker, John W.;Chen, Zhao;Wang, Wei
通讯作者：
Wang, Wei
影响因子：
64.5
作者：
Xie W;Schultz MD;Lister R;Hou Z;Rajagopal N;Ray P;Whitaker JW;Tian S;Hawkins RD;Leung D;Yang H;Wang T;Lee AY;Swanson SA;Zhang J;Zhu Y;Kim A;Nery JR;Urich MA;Kuan S;Yen CA;Klugman S;Yu P;Suknuntha K;Propson NE;Chen H;Edsall LE;Wagner U;Li Y;Ye Z;Kulkarni A;Xuan Z;Chung WY;Chi NC;Antosiewicz-Bourget JE;Slukvin I;Stewart R;Zhang MQ;Wang W;Thomson JA;Ecker JR;Ren B
通讯作者：
Ren B
影响因子：
7
作者：
Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing