Predicting the human epigenome from DNA motifs.
Predicting the human epigenome from DNA motifs.
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DOI：
10.1038/nmeth.3065
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发表时间：
2015-03
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Wang, Wei
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Whitaker, John W.;Chen, Zhao;Wang, Wei
表观基因组是通过染色质修饰酶及其辅助因子的位点特异性招募来建立和维持的。识别调节表观基因组修饰的顺式元件对于理解控制基因表达模式的调节机制至关重要。我们推出 Epigram，这是一种分析管道，可以根据 DNA 基序预测组蛋白修饰和 DNA 甲基化模式。鉴定出的顺式元件代表与建立和维持表观基因组修饰的位点特异性 DNA 结合因子的相互作用。我们对胚胎干细胞和四个衍生谱系中的顺式元件进行了编目，发现了许多具有位置偏好的基序，例如在 H3K27ac 的中心或在 H3K4me3 和 H3K9me3 的边缘，这提供了有关表观基因组形成的机制见解。 Epigram 流程和预测主题位于 http://wanglab.ucsd.edu/star/epigram。
The epigenome is established and maintained by the site-specific recruitment of chromatin-modifying enzymes and their co-factors. Identifying the cis-elements that regulate epigenomic modification is critical to understand the regulatory mechanisms that control gene expression patterns. We present Epigram, an analysis pipeline that predicts histone modification and DNA methylation patterns from DNA motifs. The identified cis-elements represent interactions with the site-specific DNA-binding factors that establish and maintain epigenomic modifications. We catalog the cis-elements in embryonic stem cells and four derived lineages and found numerous motifs that have location preference, such as at the center of H3K27ac or at the edges of H3K4me3 and H3K9me3, which provides mechanistic insight about the shaping of the epigenome. The Epigram pipeline and predictive motifs are at http://wanglab.ucsd.edu/star/epigram.
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影响因子：
30.8
作者：
He, Housheng Hansen;Meyer, Clifford A.;Shin, Hyunjin;Bailey, Shannon T.;Wei, Gang;Wang, Qianben;Zhang, Yong;Xu, Kexin;Ni, Min;Lupien, Mathieu;Mieczkowski, Piotr;Lieb, Jason D.;Zhao, Keji;Brown, Myles;Liu, X. Shirley
通讯作者：
Liu, X. Shirley
影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
影响因子：
14.9
作者：
Karolchik D;Barber GP;Casper J;Clawson H;Cline MS;Diekhans M;Dreszer TR;Fujita PA;Guruvadoo L;Haeussler M;Harte RA;Heitner S;Hinrichs AS;Learned K;Lee BT;Li CH;Raney BJ;Rhead B;Rosenbloom KR;Sloan CA;Speir ML;Zweig AS;Haussler D;Kuhn RM;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ
影响因子：
64.5
作者：
Kawahara TL;Michishita E;Adler AS;Damian M;Berber E;Lin M;McCord RA;Ongaigui KC;Boxer LD;Chang HY;Chua KF
通讯作者：
Chua KF