NanoRNAs prime transcription initiation in vivo.
NanoRNAs prime transcription initiation in vivo.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2011.06.005
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发表时间：
2011-06-24
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Nickels BE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goldman SR;Sharp JS;Vvedenskaya IO;Livny J;Dove SL;Nickels BE
人们通常认为，在体内，仅使用 NTP 即可通过 DNA 依赖性 RNA 聚合酶启动 RNA 合成。在这里，使用模型革兰氏阴性细菌铜绿假单胞菌，我们证明小RNA特异性外切核酸酶（寡核糖核酸酶）的消耗会导致2-至~4-nt RNA（“nanoRNA”）的积累，这些RNA在大部分启动子处充当转录起始的引物。纳米RNA的广泛使用引发转录起始与基因表达的整体改变相结合。我们的结果是在人为提高 nanoRNA 浓度的条件下获得的，证实小 RNA 可用于启动体内转录，挑战了所有细胞转录仅使用 NTP 进行的观点。我们的研究结果进一步表明，nanoRNA 可以代表一类独特的功能性小 RNA，它们可以通过直接掺入目标 RNA 转录本而不是通过传统的基于反义的机制来影响基因表达。
It is often presumed that, in vivo, the initiation of RNA synthesis by DNA-dependent RNA polymerases occurs using NTPs alone. Here, using the model Gram-negative bacterium Pseudomonas aeruginosa, we demonstrate that depletion of the small-RNA-specific exonuclease, Oligoribonuclease, causes the accumulation of 2- to ~4-nt RNAs, “nanoRNAs”, which serve as primers for transcription initiation at a significant fraction of promoters. Widespread use of nanoRNAs to prime transcription initiation is coupled with global alterations in gene expression. Our results, obtained under conditions in which the concentration of nanoRNAs is artificially elevated, establish that small RNAs can be used to initiate transcription in vivo, challenging the idea that all cellular transcription occurs using NTPs alone. Our findings further suggest that nanoRNAs could represent a distinct class of functional small RNAs that can affect gene expression through direct incorporation into a target RNA transcript rather than through a traditional antisense-based mechanism.
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影响因子：
14.9
作者：
Fang M;Zeisberg WM;Condon C;Ogryzko V;Danchin A;Mechold U
通讯作者：
Mechold U
影响因子：
46.9
作者：
Cho, Byung-Kwan;Zengler, Karsten;Qiu, Yu;Park, Young Seoub;Knight, Eric M.;Barrett, Christian L.;Gao, Yuan;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
影响因子：
64.8
作者：
Mackie, GA
通讯作者：
Mackie, GA
DOI：
10.1073/pnas.89.19.8899
发表时间：
1992-10-01
影响因子：
11.1
作者：
BORUKHOV, S;POLYAKOV, A;GOLDFARB, A
通讯作者：
GOLDFARB, A
影响因子：
5.6
作者：
GOLIGER, JA;YANG, XJ;ROBERTS, JW
通讯作者：
ROBERTS, JW