The 3D rRNA modification maps database: with interactive tools for ribosome analysis.
The 3D rRNA modification maps database: with interactive tools for ribosome analysis.
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DOI：
10.1093/nar/gkm855
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Fournier, Maurille J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Piekna-Przybylska, Dorota;Decatur, Wayne A.;Fournier, Maurille J.
3D rRNA修饰图谱数据库是关于完整核糖体的3D结构中修饰核苷酸的位置的第一个通用信息资源，其中mRNA和tRNA位于A-，P-和E-位点。该数据库支持包括高等真核生物在内的几种模式生物的分析，并使用户能够构建其他生物的3D地图。提供了人类和植物（拟南芥）核糖体的数据，以及来自真细菌、古细菌和真核生物的其他代表性生物的数据。此外，该数据库还整合了rRNA序列和二级结构中修饰位置的信息，以及与其他数据库和资源的链接，这些数据库和资源涉及修饰及其生物合成。修饰的核苷酸的末端位置是完全可管理的。每个修饰核苷酸的视图由单独的按钮控制，按钮还控制不同核糖体分子组分的可见性。一个名为“Paint Your Own”的部分使用户能够创建来自任何已知修饰位点的生物体的rRNA的3D修饰图。本节还提供了可视化rRNA或tRNA中感兴趣的核苷酸以及核糖体蛋白中特定氨基酸的能力。该数据库可在http://people.biochem.umass.edu/fournierlab/3dmodmap/上访问
The 3D rRNA modification maps database is the first general resource of information about the locations of modified nucleotides within the 3D structure of the full ribosome, with mRNA and tRNAs in the A-, P- and E-sites. The database supports analyses for several model organisms, including higher eukaryotes, and enables users to construct 3D maps for other organisms. Data are provided for human and plant (Arabidopsis) ribosomes, and for other representative organisms from eubacteria, archaea and eukarya. Additionally, the database integrates information about positions of modifications within rRNA sequences and secondary structures, as well as links to other databases and resources about modifications and their biosynthesis. Displaying positions of modified nucleotides is fully manageable. Views of each modified nucleotide are controlled by individual buttons and buttons also control the visibility of different ribosomal molecular components. A section called ‘Paint Your Own’ enables the user to create a 3D modification map for rRNA from any organism where sites of modification are known. This section also provides capabilities for visualizing nucleotides of interest in rRNA or tRNA, as well as particular amino acids in ribosomal proteins. The database can be accessed at http://people.biochem.umass.edu/fournierlab/3dmodmap/
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影响因子：
4.5
作者：
Huang, ZP;Zhou, H;Qu, LH
通讯作者：
Qu, LH
影响因子：
14.9
作者：
Dunin-Horkawicz, Stanislaw;Czerwoniec, Anna;Gajda, Michal J.;Feder, Marcin;Grosjean, Henri;Bujnicki, Janusz M.
通讯作者：
Bujnicki, Janusz M.
DOI：
10.1007/b105433
发表时间：
2005-01-01
期刊：
FINE-TUNING OF RNA FUNCTIONS BY MODIFICATION AND EDITING
影响因子：
--
作者：
Lapeyre, B
通讯作者：
Lapeyre, B
一种新型的实验方法，用于系统地识别真核生物的盒子H/ACA snornas。
影响因子：
14.9
作者：
Gu AD;Zhou H;Yu CH;Qu LH
通讯作者：
Qu LH
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5.3
作者：
Ghazal, G;Ge, DL;Abou Elela, S
通讯作者：
Abou Elela, S