Evolution of genome structure in the Drosophila simulans species complex.
Evolution of genome structure in the Drosophila simulans species complex.
复制标题
拟果蝇种间复合体基因组结构的进化。
DOI：
10.1101/gr.263442.120
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发表时间：
2021-03
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Emerson JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chakraborty M;Chang CH;Khost DE;Vedanayagam J;Adrion JR;Liao Y;Montooth KL;Meiklejohn CD;Larracuente AM;Emerson JJ
重复DNA序列的快速进化，包括卫星DNA，串联重复和转座因子，是表型进化的基础，并有助于物种之间的杂交不相容性。然而，在大多数当代基因组组装中，重复的基因组区域是片段化和错误组装的。我们为拟果蝇物种复合体（Drosophila simulans species complex）生成了高度连续的从头参考基因组（D。simulans、D. mauritiana和毛叶盾壳霉D. sechellia），在25万年前形成。我们的组装在连续性和准确性上与目前的D。黑腹果蝇基因组，使我们能够直接比较这四个物种之间的重复序列。我们发现，至少有15%的D。simulans复杂物种的基因组不能与D.由于结构上的差异-两倍的单核苷酸取代的数量。我们还发现卫星DNA的快速周转和广泛的结构差异异染色质区，而常染色质基因的内容大多是保守的。尽管基因共线性的整体保存，常染色质在每个物种已形成的分支和物种特异性倒位，转座因子，卫星和tRNA串联阵列的扩展和收缩，和基因复制。我们还发现Y连锁基因之间的快速分歧，包括拷贝数的变化和最近的基因复制从常染色体。我们的组装为研究基因组进化及其对这些遗传模式物种表型进化的影响提供了宝贵的资源。
The rapid evolution of repetitive DNA sequences, including satellite DNA, tandem duplications, and transposable elements, underlies phenotypic evolution and contributes to hybrid incompatibilities between species. However, repetitive genomic regions are fragmented and misassembled in most contemporary genome assemblies. We generated highly contiguous de novo reference genomes for the Drosophila simulans species complex (D. simulans, D. mauritiana, and D. sechellia), which speciated ∼250,000 yr ago. Our assemblies are comparable in contiguity and accuracy to the current D. melanogaster genome, allowing us to directly compare repetitive sequences between these four species. We find that at least 15% of the D. simulans complex species genomes fail to align uniquely to D. melanogaster owing to structural divergence—twice the number of single-nucleotide substitutions. We also find rapid turnover of satellite DNA and extensive structural divergence in heterochromatic regions, whereas the euchromatic gene content is mostly conserved. Despite the overall preservation of gene synteny, euchromatin in each species has been shaped by clade- and species-specific inversions, transposable elements, expansions and contractions of satellite and tRNA tandem arrays, and gene duplications. We also find rapid divergence among Y-linked genes, including copy number variation and recent gene duplications from autosomes. Our assemblies provide a valuable resource for studying genome evolution and its consequences for phenotypic evolution in these genetic model species.
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结构变体和选择性扫描灶有助于果蝇遗传参考面板的杀虫剂耐药性。
DOI：
10.1534/g3.118.200619
发表时间：
2018-11-06
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Battlay P;Leblanc PB;Green L;Garud NR;Schmidt JM;Fournier-Level A;Robin C
通讯作者：
Robin C
影响因子：
10.7
作者：
Blumenstiel, JP;Hartl, DL;Lozovsky, ER
通讯作者：
Lozovsky, ER
影响因子：
3.8
作者：
Araripe, L. O.;Tao, Y.;Lemos, B.
通讯作者：
Lemos, B.
种群基因组学：果蝇果蝇中多态性和差异的全基因组分析。
影响因子：
9.8
作者：
Begun, David J.;Holloway, Alisha K.;Stevens, Kristian;Hillier, LaDeana W.;Poh, Yu-Ping;Hahn, Matthew W.;Nista, Phillip M.;Jones, Corbin D.;Kern, Andrew D.;Dewey, Colin N.;Pachter, Lior;Myers, Eugene;Langley, Charles H.
通讯作者：
Langley, Charles H.
DOI：
10.1073/pnas.0702552104
发表时间：
2007-07-03
影响因子：
11.1
作者：
Bergman, Casey M.;Bensasson, Douda
通讯作者：
Bensasson, Douda