Genomic Analysis of Serogroup Y Neisseria meningitidis Isolates Reveals Extensive Similarities Between Carriage-Associated and Disease-Associated Organisms.
Genomic Analysis of Serogroup Y Neisseria meningitidis Isolates Reveals Extensive Similarities Between Carriage-Associated and Disease-Associated Organisms.
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脑膜炎奈瑟菌 Y 血清群分离株的基因组分析揭示了携带相关生物和疾病相关生物之间的广泛相似性。
DOI：
10.1093/infdis/jiw008
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发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Oldfield NJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Oldfield NJ
背景：脑膜炎奈瑟菌是人类鼻咽部的常见定植菌，无症状携带为侵袭性致病菌株提供了储存库。血清群Y（MenY）菌株是脑膜炎球菌病的主要原因。高分辨率的遗传分析的载体和疾病分离株可以建立流行病学的关系，并确定潜在的毒力factors.Methods. Whole基因组序列数据获得了99 MenY携带分离株在1997年至2010年期间在英国恢复。序列进行了比较，在2010-2011年期间恢复的73 MenY侵入性分离株，使用一个基因的基因approach.Results.Comparisons在1605个核心基因解决91%的分离株到8个集群包含密切相关的疾病和携带分离株之一。六个集群包含携带脑膜炎球菌分离在1997年至2001年，表明时间稳定性。一个主要共享名称Y：P1.5- 1，10 -1：F4-1：ST-1655（cc 23）的分离株群被分解为一个亚群，其中86%为携带分离株，另一个亚群为90%为侵袭分离株。这些亚群被定义为特定的等位基因的差异，在5个核心基因编码甘油酸激酶（glxK），缬氨酸-丙酮酸转氨酶（avtA），超氧化物歧化酶（sodB），和2个假设的protein.Conclusions。高分辨率的遗传分析检测到长期的时间稳定性和时间重叠的运输和疾病的MenY克隆的人口，但也有证据的疾病相关的克隆。
Background.Neisseria meningitidisis a frequent colonizer of the human nasopharynx, with asymptomatic carriage providing the reservoir for invasive, disease-causing strains. Serogroup Y (MenY) strains are a major cause of meningococcal disease. High-resolution genetic analyses of carriage and disease isolates can establish epidemiological relationships and identify potential virulence factors.Methods.Whole-genome sequence data were obtained for 99 MenY carriage isolates recovered in the United Kingdom during 1997–2010. Sequences were compared to those of 73 MenY invasive isolates recovered during 2010–2011, using a gene-by-gene approach.Results.Comparisons across 1605 core genes resolved 91% of isolates into one of 8 clusters containing closely related disease and carriage isolates. Six clusters contained carried meningococci isolated during 1997–2001, suggesting temporal stability. One cluster of isolates, predominately sharing the designation Y: P1.5-1,10-1: F4-1: ST-1655 (cc23), was resolved into one subcluster with 86% carriage isolates and a second with 90% invasive isolates. These subclusters were defined by specific allelic differences in 5 core genes encoding glycerate kinase (glxK), valine-pyruvate transaminase (avtA), superoxide dismutase (sodB), and 2 hypothetical proteins.Conclusions.High-resolution genetic analyses detected long-term temporal stability and temporally overlapping carriage and disease populations for MenY clones but also evidence of a disease-associated clone.
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