Single-cell, genome-wide sequencing identifies clonal somatic copy-number variation in the human brain.
Single-cell, genome-wide sequencing identifies clonal somatic copy-number variation in the human brain.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2014.07.043
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发表时间：
2014-09-11
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Walsh CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cai X;Evrony GD;Lehmann HS;Elhosary PC;Mehta BK;Poduri A;Walsh CA
从头拷贝数变异（CNVs）可导致神经精神疾病，但它们在体细胞和发育过程中发生的程度尚不清楚。在>200个单细胞中进行的单细胞全基因组测序（WGS），包括来自三个正常和两个病理人脑的>160个神经元，灵敏地鉴定了18号染色体的生殖系三体，但发现正常脑组织中的大多数（≥95%）神经元是整倍体。对一例由于染色体1 q体细胞CNV导致的半侧巨脑畸形（HMG）患者的分析发现，约20%的神经元中存在意外的1 q四体，这表明少数细胞中的CNV可导致广泛的脑功能障碍。单细胞分析在正常人脑组织的淋巴母细胞和单个神经元中鉴定出大的（>1 Mb）克隆CNV，表明一些CNV发生在神经发生期间。许多神经元含有一个或多个大的候选人私人CNV，包括染色体15q13.2-13.3处的一个，这是神经精神疾病中的复制位点。大的私有和克隆的体细胞CNVs发生在正常和患病的人脑中。
De novo copy-number variants (CNVs) can cause neuropsychiatric disease, but the degree to which they occur somatically, and during development, is unknown. Single-cell whole-genome sequencing (WGS) in >200 single cells, including >160 neurons from three normal and two pathological human brains, sensitively identified germline trisomy of chromosome 18 but found most (≥95%) neurons in normal brain tissue to be euploid. Analysis of a patient with hemimegalencephaly (HMG) due to a somatic CNV of chromosome 1q found unexpected tetrasomy 1q in ~20% of neurons, suggesting that CNVs in a minority of cells can cause widespread brain dysfunction. Single-cell analysis identified large (>1 Mb) clonal CNVs in lymphoblasts and in single neurons from normal human brain tissue, suggesting that some CNVs occur during neurogenesis. Many neurons contained one or more large candidate private CNVs, including one at chromosome 15q13.2-13.3, a site of duplication in neuropsychiatric conditions. Large private and clonal somatic CNVs occur in normal and diseased human brains.
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影响因子：
64.8
作者：
Navin N;Kendall J;Troge J;Andrews P;Rodgers L;McIndoo J;Cook K;Stepansky A;Levy D;Esposito D;Muthuswamy L;Krasnitz A;McCombie WR;Hicks J;Wigler M
通讯作者：
Wigler M
影响因子：
16.2
作者：
Poduri A;Evrony GD;Cai X;Elhosary PC;Beroukhim R;Lehtinen MK;Hills LB;Heinzen EL;Hill A;Hill RS;Barry BJ;Bourgeois BF;Riviello JJ;Barkovich AJ;Black PM;Ligon KL;Walsh CA
通讯作者：
Walsh CA
影响因子：
56.9
作者：
Sebat, Jonathan;Lakshmi, B.;Wigler, Michael
通讯作者：
Wigler, Michael
影响因子：
12.3
作者：
Langmead B;Trapnell C;Pop M;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
DOI：
10.1126/science.1243472
发表时间：
2013-11-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
McConnell MJ;Lindberg MR;Brennand KJ;Piper JC;Voet T;Cowing-Zitron C;Shumilina S;Lasken RS;Vermeesch JR;Hall IM;Gage FH
通讯作者：
Gage FH