RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure.
RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure.
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DOI：
10.1016/j.cell.2016.04.028
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发表时间：
2016-05-19
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Chang HY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lu Z;Zhang QC;Lee B;Flynn RA;Smith MA;Robinson JT;Davidovich C;Gooding AR;Goodrich KJ;Mattick JS;Mesirov JP;Cech TR;Chang HY
RNA具有碱基配对的固有特性，形成对其多种功能至关重要的复杂结构。在这里，我们开发巴黎，一种基于可逆peptien-crosslinking的方法，用于活细胞中具有近碱基对分辨率的RNA双链体的全局映射。在三种人类和小鼠细胞类型中的巴黎分析揭示了频繁的长程结构、更高阶的结构和RNA：RNA在转录组中的反式相互作用。巴黎在单个分子水平上确定碱基配对相互作用，揭示普遍存在的替代构象。我们使用PARIS确定的螺旋来指导RNA结构的系统发育分析，并发现了保守的长程和替代结构。XIST是X染色体失活所必需的lncRNA，折叠成跨越许多酶的进化上保守的RNA结构域。XIST A-重复序列形成复杂的重复序列间双链体，其使关键表观遗传沉默蛋白SPEN的高阶组装成核。巴黎是一种普遍适用和通用的方法，为RNA结构组和相互作用组提供了新的见解。
RNA has the intrinsic property to base pair, forming complex structures fundamental to its diverse functions. Here we develop PARIS, a method based on reversible psoralen-crosslinking for global mapping of RNA duplexes with near base-pair resolution in living cells. PARIS analysis in three human and mouse cell types reveals frequent long-range structures, higher order architectures, and RNA:RNA interactions in trans across the transcriptome. PARIS determines base-pairing interactions on an individual-molecule level, revealing pervasive alternative conformations. We used PARIS-determined helices to guide phylogenetic analysis of RNA structures, and discovered conserved long-range and alternative structures. XIST, a lncRNA essential for X chromosome inactivation, folds into evolutionarily conserved RNA structural domains that span many kilobases. XIST A-repeat forms complex inter-repeat duplexes that nucleate higher order assembly of the key epigenetic silencing protein SPEN. PARIS is a generally applicable and versatile method that provides novel insights into the RNA structurome and interactome.
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DOI：
10.1261/rna.049221.114
发表时间：
2015-07
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Kutchko KM;Sanders W;Ziehr B;Phillips G;Solem A;Halvorsen M;Weeks KM;Moorman N;Laederach A
通讯作者：
Laederach A
影响因子：
6.8
作者：
Lu Z;Chang HY
通讯作者：
Chang HY
影响因子：
4.5
作者：
Fang R;Moss WN;Rutenberg-Schoenberg M;Simon MD
通讯作者：
Simon MD
影响因子：
2.9
作者：
MCCASKILL, JS
通讯作者：
MCCASKILL, JS
DOI：
10.1073/pnas.73.8.2644
发表时间：
1976-01-01
影响因子：
11.1
作者：
CECH, TR;PARDUE, ML
通讯作者：
PARDUE, ML