PHI-base in 2022: a multi-species phenotype database for Pathogen-Host Interactions.
PHI-base in 2022: a multi-species phenotype database for Pathogen-Host Interactions.
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2022年的PHI-base：病原体-宿主相互作用的多物种表型数据库。
DOI：
10.1093/nar/gkab1037
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hammond-Kosack KE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Urban M;Cuzick A;Seager J;Wood V;Rutherford K;Venkatesh SY;Sahu J;Iyer SV;Khamari L;De Silva N;Martinez MC;Pedro H;Yates AD;Hammond-Kosack KE
自2005年以来，病原体-宿主相互作用数据库（PHI-base）已人工整理了感染动物、植物、鱼类、昆虫和/或真菌宿主的真菌、细菌和原生生物病原体的经实验验证的致病性、毒力和效应基因。PHI-base（www.phi-base.org）致力于鉴定和呈现关于致病性和效应基因及其宿主相互作用的表型信息。特定的基因改变，没有改变在主机的相互作用表型也presented. PHI基地是非常宝贵的比较分析和发现的候选目标在医学和农学上重要的物种进行干预。版本4.12（2021年9月）包含4387篇参考文献，并提供了来自279种病原体的8411个基因的信息，在18，190种相互作用中对228种宿主进行了测试。这使基因含量自版本4.8（2019年9月）以来增加了24%。细菌和真菌病原体代表了大部分的相互作用数据，条目的比例为54：46，而原生生物，原生动物，线虫和昆虫占条目的3.6%。宿主物种包括大约54%的植物和46%的其他医学，兽医和/或环境重要性。基于PHI的数据被分发到UniProtKB、FungiDB和Ensembl Genomes。PHI-base将于2022年初迁移到新的以基因为中心的版本（版本5.0）。这一重大发展是简要说明。
Since 2005, the Pathogen–Host Interactions Database (PHI-base) has manually curated experimentally verified pathogenicity, virulence and effector genes from fungal, bacterial and protist pathogens, which infect animal, plant, fish, insect and/or fungal hosts. PHI-base (www.phi-base.org) is devoted to the identification and presentation of phenotype information on pathogenicity and effector genes and their host interactions. Specific gene alterations that did not alter the in host interaction phenotype are also presented. PHI-base is invaluable for comparative analyses and for the discovery of candidate targets in medically and agronomically important species for intervention. Version 4.12 (September 2021) contains 4387 references, and provides information on 8411 genes from 279 pathogens, tested on 228 hosts in 18, 190 interactions. This provides a 24% increase in gene content since Version 4.8 (September 2019). Bacterial and fungal pathogens represent the majority of the interaction data, with a 54:46 split of entries, whilst protists, protozoa, nematodes and insects represent 3.6% of entries. Host species consist of approximately 54% plants and 46% others of medical, veterinary and/or environmental importance. PHI-base data is disseminated to UniProtKB, FungiDB and Ensembl Genomes. PHI-base will migrate to a new gene-centric version (version 5.0) in early 2022. This major development is briefly described.
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影响因子：
4.5
作者：
Ames RM
通讯作者：
Ames RM
影响因子：
14.9
作者：
NCBI Resource Coordinators
通讯作者：
NCBI Resource Coordinators
DOI：
10.3390/jof4010039
发表时间：
2018-03-20
期刊：
Journal of fungi (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Basenko EY;Pulman JA;Shanmugasundram A;Harb OS;Crouch K;Starns D;Warrenfeltz S;Aurrecoechea C;Stoeckert CJ Jr;Kissinger JC;Roos DS;Hertz-Fowler C
通讯作者：
Hertz-Fowler C
影响因子：
64.8
作者：
Fisher, Matthew C.;Henk, Daniel. A.;Briggs, Cheryl J.;Brownstein, John S.;Madoff, Lawrence C.;McCraw, Sarah L.;Gurr, Sarah J.
通讯作者：
Gurr, Sarah J.
影响因子：
14.9
作者：
Hastings J;Owen G;Dekker A;Ennis M;Kale N;Muthukrishnan V;Turner S;Swainston N;Mendes P;Steinbeck C
通讯作者：
Steinbeck C