FungiDB: An Integrated Bioinformatic Resource for Fungi and Oomycetes.
FungiDB: An Integrated Bioinformatic Resource for Fungi and Oomycetes.
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DOI：
10.3390/jof4010039
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发表时间：
2018-03-20
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hertz-Fowler C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Basenko EY;Pulman JA;Shanmugasundram A;Harb OS;Crouch K;Starns D;Warrenfeltz S;Aurrecoechea C;Stoeckert CJ Jr;Kissinger JC;Roos DS;Hertz-Fowler C
FungiDB（fungidb.org）是一个免费的在线资源，用于真菌和卵菌物种的数据挖掘和功能基因组学分析。FungiDB是真核病原体基因组学数据库资源（EuPathDB，eupathdb.org）平台的一部分，该平台集成了基因组、转录组、蛋白质组和表型数据集，以及致病和非致病、自由生活和寄生生物的其他类型的数据。FungiDB是最大的EuPathDB数据库之一，包含从GenBank、Aspergillus Genome Database（AspGD）、The Broad Institute、Joint Genome Institute（JGI）、Ensembl和其他来源获得的近100个基因组。FungiDB提供了一个用户友好的Web界面，嵌入式生物信息学工具，支持利用FungiDB集成数据的自定义计算机实验。此外，基于Galaxy的工作空间使用户能够生成用于大规模数据分析的自定义管道（例如，RNA-Seq、变体识别等）。本文介绍了FungiDB资源，重点介绍了可用的功能、工具和查询，以及如何使用它们在各种集成的FungiDB数据集和记录中挖掘数据。
FungiDB (fungidb.org) is a free online resource for data mining and functional genomics analysis for fungal and oomycete species. FungiDB is part of the Eukaryotic Pathogen Genomics Database Resource (EuPathDB, eupathdb.org) platform that integrates genomic, transcriptomic, proteomic, and phenotypic datasets, and other types of data for pathogenic and nonpathogenic, free-living and parasitic organisms. FungiDB is one of the largest EuPathDB databases containing nearly 100 genomes obtained from GenBank, Aspergillus Genome Database (AspGD), The Broad Institute, Joint Genome Institute (JGI), Ensembl, and other sources. FungiDB offers a user-friendly web interface with embedded bioinformatics tools that support custom in silico experiments that leverage FungiDB-integrated data. In addition, a Galaxy-based workspace enables users to generate custom pipelines for large-scale data analysis (e.g., RNA-Seq, variant calling, etc.). This review provides an introduction to the FungiDB resources and focuses on available features, tools, and queries and how they can be used to mine data across a diverse range of integrated FungiDB datasets and records.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
14.9
作者：
Caspi R;Billington R;Ferrer L;Foerster H;Fulcher CA;Keseler IM;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Mueller LA;Ong Q;Paley S;Subhraveti P;Weaver DS;Karp PD
通讯作者：
Karp PD
影响因子：
4.4
作者：
Godfrey, Dale;Bohlenius, Henrik;Thordal-Christensen, Hans
通讯作者：
Thordal-Christensen, Hans
影响因子：
14.9
作者：
Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
14.9
作者：
Huerta-Cepas J;Capella-Gutiérrez S;Pryszcz LP;Marcet-Houben M;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T