Comparative analysis of gene prediction tools for viral genome annotation
Comparative analysis of gene prediction tools for viral genome annotation
复制标题
病毒基因组注释的基因预测工具的比较分析
DOI：
10.1101/2021.12.11.472104
复制
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
González-Tortuero E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
González-Tortuero E
自从高通量测序平台和基因组分析工具的开发以来，新获得的病毒基因组和宏基因组的数量呈指数级增长。生物信息学13注释管道主要基于开放阅读框（ORF）调用软件，其独立于序列分类学背景鉴定基因14。尽管ORF调用程序提供了快速的基因组注释，但它们可能会错误识别ORF并启动密码子;这些错误可能会随着时间的推移而永久存在并传播。本研究评估了针对完整RefSeq病毒数据库的病毒17基因组注释的多个ORF调用程序的性能。当考虑病毒核酸类型与病毒宿主时，程序输出变化。根据ORF的数量，浪子和19
The number of newly available viral genomes and metagenomes has increased exponentially since the 12 development of high throughput sequencing platforms and genome analysis tools. Bioinformatic 13 annotation pipelines are largely based on open reading frame (ORF) calling software, which identifies genes 14 independently of the sequence taxonomical background. Although ORF-calling programs provide a rapid 15 genome annotation, they can misidentify ORFs and start codons; errors that might be perpetuated and 16 propagated over time. This study evaluated the performance of multiple ORF-calling programs for viral 17 genome annotation against the complete RefSeq viral database. Programs outputs varied when considering 18 the viral nucleic acid type versus the viral host. According to the number of ORFs, Prodigal and 19
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Shean, Ryan C.;Makhsous, Negar;Greninger, Alexander L.
通讯作者：
Greninger, Alexander L.
影响因子：
14.9
作者：
Bao, Yiming;Bolotov, Pavel;Dernovoy, Dmitry;Kiryutin, Boris;Tatusova, Tatiana
通讯作者：
Tatusova, Tatiana
用于检测病毒基因组的核酸杂交。
影响因子：
--
作者：
G. Bornkamm;C. Des̀granges;L. Gissmann
通讯作者：
L. Gissmann
影响因子：
14.9
作者：
Wang S;Sundaram JP;Stockwell TB
通讯作者：
Stockwell TB
影响因子：
5.3
作者：
Pace J;Youens-Clark K;Freeman C;Hurwitz B;Van Doorslaer K
通讯作者：
Van Doorslaer K