Coronavirus sampling and surveillance in bats from 1996-2019: a systematic review and meta-analysis.
Coronavirus sampling and surveillance in bats from 1996-2019: a systematic review and meta-analysis.
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DOI：
10.1038/s41564-023-01375-1
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发表时间：
2023-06
影响因子：
28.3
通讯作者：
Becker, Daniel J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cohen, Lily E.;Fagre, Anna C.;Chen, Binqi;Carlson, Colin J.;Becker, Daniel J.
SARS-CoV-2的出现突显了监测蝙蝠病毒的循证战略的必要性。我们对全球蝙蝠的冠状病毒样本(RNA阳性测试)进行了系统的审查。我们确定了2005至2020年间发表的110项研究，这些研究从89,752个蝙蝠样本中总共报告了阳性反应。我们从公共记录中收集了2,274条感染流行情况的最好的方法学、时空和系统发生水平的详细记录，并将其编入一个名为DATACOV的开放的静态数据库，以及关于采样和诊断方法的元数据。我们发现，在所有研究中，病毒流行率存在显著的异质性，反映了病毒动力学的时空差异和方法上的差异。荟萃分析确定样本类型和抽样设计是流行的最佳预测因素，在直肠和粪便样本中病毒检测最大化，并通过对同一部位进行重复抽样。只有不到五分之一的研究收集并报告了纵向数据，而安乐死并没有改善病毒检测。我们发现，在SARS-CoV-2大流行之前，蝙蝠样本集中在中国，南亚、美洲和撒哈拉以南非洲以及叶口蝙蝠亚科的研究存在空白。我们建议监测战略应弥补这些差距，以改善全球卫生安全，并使人畜共患冠状病毒的来源得以确定。对蝙蝠大流行前冠状病毒监测的系统审查和分析确定了今后改进监测的要求。
The emergence of SARS-CoV-2 highlights a need for evidence-based strategies to monitor bat viruses. We performed a systematic review of coronavirus sampling (testing for RNA positivity) in bats globally. We identified 110 studies published between 2005 and 2020 that collectively reported positivity from 89,752 bat samples. We compiled 2,274 records of infection prevalence at the finest methodological, spatiotemporal and phylogenetic level of detail possible from public records into an open, static database named datacov, together with metadata on sampling and diagnostic methods. We found substantial heterogeneity in viral prevalence across studies, reflecting spatiotemporal variation in viral dynamics and methodological differences. Meta-analysis identified sample type and sampling design as the best predictors of prevalence, with virus detection maximized in rectal and faecal samples and by repeat sampling of the same site. Fewer than one in five studies collected and reported longitudinal data, and euthanasia did not improve virus detection. We show that bat sampling before the SARS-CoV-2 pandemic was concentrated in China, with research gaps in South Asia, the Americas and sub-Saharan Africa, and in subfamilies of phyllostomid bats. We propose that surveillance strategies should address these gaps to improve global health security and enable the origins of zoonotic coronaviruses to be identified. Systematic review and analysis of pre-pandemic coronavirus surveillance in bats identifies requirements for improvements to surveillance in the future.
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