Seven amino acid types suffice to reconstruct the core fold of RNA polymerase
Seven amino acid types suffice to reconstruct the core fold of RNA polymerase
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七种氨基酸类型足以重建RNA聚合酶的核心折叠
DOI：
10.1101/2021.02.22.432383
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tagami Shunsuke
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yagi Sota;Padhi Aditya K.;Vucinic Jelena;Barbe Sophie;Schiex Thomas;Nakagawa Reiko;Simoncini David;Zhang Kam Y. J.;Tagami Shunsuke
现存的复杂蛋白质一定是从古老的短而简单的祖先进化而来的。DPBB是最古老的蛋白质折叠结构之一，在多种基础酶中是保守的，如RNA聚合酶的核心结构域。在这里，通过对现代DPBB结构域进行逆向工程，我们重建了其合理的进化途径，该途径始于半肽的“交错同源二聚化”，然后是基因复制和融合。此外，通过简化肽的氨基酸库，我们成功地创建了仅具有七种氨基酸类型（Ala、Asp、Glu、Gly、Lys、Arg和瓦尔）的DPBB折叠，其可以在现代翻译系统中仅由GNN和ARR（R = A或G）密码子编码。因此，DPBB折叠可能是由早期的翻译系统和遗传密码实现的。
The extant complex proteins must have evolved from ancient short and simple ancestors. The double-ψ β-barrel (DPBB) is one of the oldest protein folds and conserved in various fundamental enzymes, such as the core domain of RNA polymerase. Here, by reverse engineering a modern DPBB domain, we reconstructed its plausible evolutionary pathway started by “interlacing homodimerization” of a half-size peptide, followed by gene duplication and fusion. Furthermore, by simplifying the amino acid repertoire of the peptide, we successfully created the DPBB fold with only seven amino acid types (Ala, Asp, Glu, Gly, Lys, Arg, and Val), which can be coded by only GNN and ARR (R = A or G) codons in the modern translation system. Thus, the DPBB fold could have been materialized by the early translation system and genetic code.
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DOI：
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发表时间：
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期刊：
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影响因子：
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作者：
T. Terwilliger;P. D. Adams;R. Read;A. Mccoy;N. Moriarty;R. Grosse-Kunstleve;P. Afonine;P. Zwart-P.-Zwa
通讯作者：
T. Terwilliger;P. D. Adams;R. Read;A. Mccoy;N. Moriarty;R. Grosse-Kunstleve;P. Afonine;P. Zwart-P.-Zwa
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影响因子：
3.5
作者：
H. Xue;K. Tong;C. Marck;H. Grosjean;J.Tze
通讯作者：
J.Tze
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DOI：
10.1099/00207713-46-4-1170
发表时间：
1996
期刊：
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影响因子：
--
作者：
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通讯作者：
J. N. Reeve
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作者：
Nguyen MN;Tan KP;Madhusudhan MS
通讯作者：
Madhusudhan MS
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作者：
Walter, KU;Vamvaca, K;Hilvert, D
通讯作者：
Hilvert, D